한국불교태고종에 속한다. 이 절의 창건기사는 전하지 않으나, 신라 말에 고승 무염(無染)이 창건하였다고 구전되고 있다. 그 뒤의 중건 · 중수는 미상이지만, 임진왜란 때 인근 성주사와 함께 전소되었다가 중건한 절이다.
원래는 숭암사(崇巖寺)라고 하였으나 절이 높은 곳에 위치하고 흰 구름 속의 절과 같다 하여 백운사로 바꾸어 불렀다.
현존하는 당우로는 대웅전과 요사채가 있으며, 문화유산으로는 무염의 덕을 기린 대낭혜대사송덕문(大朗慧大師頌德文)이 조각되어 있다. 이 송덕문은 아름다운 문장과 명필로 널리 알려져 있다.