삼도통제사·삼도수군통제사 또는 통곤(統閫)이라고도 한다. 경상·전라·충청도 등 삼도의 수군을 지휘, 통솔한 삼남 지방의 수군 총사령관이다.
본래 삼남 지방의 수군은 5도(五道 : 충청도·전라우도·전라좌도·경상우도·경상좌도)로 분할되어 각 도에는 수군절도사를 두어 해구(海寇)에 대처해왔다.
그러나 임진왜란 중 각 도 수사(水使)간의 원활한 지휘 체계를 위하여 1593년(선조 26) 8월 삼도수군통제사라는 관직을 신설하고, 왜 수군을 크게 무찌른 전라좌수사 이순신(李舜臣)을 겸직으로 임용한 것이 이 제도의 시초였다.
1795년(정조 19) 간행된 『이충무공전서(李忠武公全書)』 중 선조가 이순신에게 내린 교서에 따르면 “……그대를 기용하여 본직에 전라·충청·경상도의 삼도수군통제사를 겸하게 하노니…… 수사 이하로 명령을 받들지 않는 자는 군법에 의해 시행하라…….”라고 하였다.
통제사는 수사의 정3품보다 상위직이며, 각 도의 지방행정의 최고위직인 관찰사와는 같은 품계였다. 그러나 상위 품계에서 기용되는 경우도 있었다.
제4대 통제사 이시언(李時言) 때부터는 거의 경상우수사가 이를 겸하게 되었다. 법제적으로 임기는 2년이었으나 이 기간은 거의 지켜지지 않았고, 중임되는 경우도 있었다.
통제사가 지휘한 통제영(統制營)은 한산도에 최초로 두었는데, 초대 통제사 이순신의 본직이 전라좌수사였으므로 전라좌수영(지금의 여수시)이 첫 통제영이라는 견해도 있다.
임진왜란 뒤 통제영은 거제 오아포(烏兒浦)와 전라좌수영 등지로 옮겼다가 1604년 두룡포(豆龍浦 : 지금의 경상남도 통영시)로 옮겨 1895년(고종 32) 7월 폐영될 때까지 300여 년간 존치되었으며, 그 동안 208인의 통제사가 채임되었다.