본관은 함종(咸從). 자는 성순(聖淳). 어용인(魚用仁)의 아들이며, 신미양요 때 진무중군(鎭撫中軍)으로서 순국한 어재연(魚在淵)의 아우이다.
어재순은 벼슬길에 나아가지 않고 홀로 대소가를 지키며 은거하고 있었는데, 때마침 신미양요가 발생, 형 어재연이 진무중군이라는 막중한 중책을 지고 광성보(廣城堡)에 농성하고 있다는 소식을 접하였다.
이에 분연히 궐기, 형을 따라 미군을 격퇴할 결심을 굳히면서 백의종군을 선언하자, 일가친지들은 지금 강화도에는 적선이 바다를 메워 들어갈 수 없다고 하였다. 그러나 “생사는 하늘에 달려 있으니 적이 두려워서 어찌 나라를 구하는 일을 못하랴.”라고 마지막 한마디를 남기고 광성보로 달려갔다. 어재연 중군이 아우 어재순을 보고 “너는 궁벽한 고을의 일개 포의에 불과한 몸이다. 너는 왕사(王事)로 죽는 나와는 다르다. 어찌 빨리 돌아가지 못하겠는가.”라고 꾸짖으니, 나라를 위하여 충성하는 일에는 신민(臣民)이 하나라고 말하면서 일신의 목숨을 돌보지 않고 형과 같이 칼을 빼어들고 선두에서 미군과 육박전을 벌이다가 전사하였다. 이에 정부는 어재순을 이조참의에 추증하고, 백의충절을 기렸다.