대한불교조계종 제6교구 본사인 마곡사(麻谷寺)의 말사이다. 1457년(세조 3)에 세조의 명으로 창건하여 묘은사(妙隱寺)라 하였으며, 1624년(인조 2)에 이괄이 난을 일으켜서 서울을 침공하였을 때 인조는 이 절로 피난 와서 안전하게 피신한 뒤 은적사라 하였다.
그 뒤 인조는 이 절이 설험수호(設險守護)의 요지임을 깨닫고 이 절에 승병을 주둔하게 하여 호서지방 방비의 일익을 담당하도록 하였다. 이는 북한산성과 남한산성의 승병활동과 함께 호국사찰(護國寺刹)로서의 역사적 의의를 지니는 것이다.
현존하는 당우로는 대웅전 · 원통전(圓通殿) · 명부전(冥府殿), 그리고 규모가 큰 대방(大房)이 있으며, 대웅전은 1984년 충청남도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정되었다. 특별한 문화유산은 없으나 원통전내의 중수 또는 시주질(施主秩) 등의 현판들은 역사 연구의 좋은 자료가 된다. 현재 이 절은 비구니의 수도처로 이용되고 있다. 또한, 대통사지(大通寺址)는 529년(법흥왕 16)에 창건된 백제의 사찰로서, 현재 1963년 보물로 지정된 공주 반죽동 석조와 높이 3.5m의 공주 반죽동 당간지주가 남아 있다.