2019년 국보로 지정되었다. 정면 3칸, 측면 2칸의 다포계(多包系) 맞배지붕건물. 나직한 자연석 기단(基壇) 위에 막돌 주초(柱礎)를 놓고 민흘림 기둥을 세웠는데, 기둥높이에 비하여 지붕이 큰 편이다.
공포(栱包)는 안팎 똑같이 2출목(二出目)으로 짰으며, 그 결과 내목도리(內目道里)를 쓰지 않고 주심도리(柱心道里)로 서까래를 직접 받게 하였다. 주심도리가 대들보보다 훨씬 높은 위치에 자리하게 되어 지붕이 높아진 만큼 기둥은 짧아 보인다.
측면의 박공[牔栱 : 경사지붕 옆면에 붙인 널]에서 보면 귀포의 다포구성(多包構成)이 분명하게 드러나는데, 귀기둥으로 길게 뻗어나온 장여[長舌]가 처마의 깊이를 강조하고 있다.
건물내부의 가구형식(架構形式)은 고주(高柱) 없이 4분변작(四分變作)하는 가구법을 사용하여서, 대들보를 얹은 중대공(中臺工) 위에 뜬창방을 끼워서 천장의 반자틀을 지탱하게 하였다.
천장은 소란[小欄 : 가는 테두리 대]을 꽃무늬 모양으로 조각하고 그 안쪽 반자틀에 화려한 단층을 베풀어 장엄하였다. 대들보와 종보 사이에 초각(草刻)한 화반[華盤 : 장여를 받는 받침]을 설치하는 등 곳곳에 장식적인 부재들을 넣어 화려하게 장식하고 있다.
외부 귀공포 위 창방 뺄목에 붙인 귀면·용머리·연꽃봉오리 등의 조각이나 목각탱(木刻幀) 위의 용조각, 대들보 위 용조각 등은 목각탱과 어울려 화려한 조각 솜씨를 보여주고 있다. 단청도 금단청[錦丹靑 : 부재의 양 끝에 주된 단청을 하고 중간에 여러 가지 비단 무늬를 그린 단청]으로 칠해져 내부를 더욱 화려하게 만들어준다.
불단(佛壇)은 어간[御間 : 중앙 간] 뒷벽에 놓고, 그 위에 삼존불(三尊佛)을 안치한 다음 후불벽(後佛壁)을 목각탱으로 장엄하였다. 한편, 불단 양 옆에는 윤장대(輪藏臺)를 설치하였는데 팔각정 모양을 택하고 있으며, 왼쪽 윤장대의 꽃살창호는 다양하고 세련되게 조각되어 있다.
이 윤장대는 내부에 불경(佛經)을 넣고, 손잡이를 잡고 돌리면서 극락정토(極樂淨土)를 기원하는 의례(儀禮)를 행하는 도구이다. 마루 밑에 회전축의 기초를 놓아 윤장대를 올려놓았으며, 지붕 끝을 건물 천장부 가구에 연결하였다.
대장전의 창건연대는 알 수 없으나, 사적기(事蹟記)에 의하면 1670년(현종 11)에 중수하였다고 하며, 그뒤 여러 차례 보수되었고 최근의 큰 화재로 대웅전을 비롯한 많은 건물이 불타자 화재를 방지하기 위한 보존처리를 하기도 하였다.