이초의 옥은 1390년(공양왕 2) 윤이(尹彝)·이초(李初)가 공양왕과 이성계를 명나라 황제에게 무고한 데서 비롯된 옥사이다. 윤이와 이초는 공양왕은 종실이 아니라 이성계의 인척이며, 공양왕과 이성계가 명나라를 공격할 계획을 세우고서는 이에 반대하는 대신들을 살해하거나 유배 보냈다고 무고하였다. 이 소식이 알려지자 이성계 일파는 이 사건에 연루된 반대파 인물들을 대대적으로 체포하고 국문하였다. 그러나 사건의 진상이 밝혀지지 않았고, 공양왕이 처벌에 동조하지 않아 관련자들은 대부분 석방되었다.
1389년(공양왕 1) 이성계(李成桂) 일파가 공양왕(恭讓王)을 세우자, 이에 반발하여 파평군(坡平君)을 자칭한 윤이(尹彝)와 중랑장(中郎將) 이초(李初)가 명나라로 가서 황제에게 이성계 등을 무고하였다. 그 내용은 첫째, 공양왕은 종실이 아니라 이성계의 인친(姻親)이고, 둘째, 공양왕과 이성계는 장차 명나라를 공격하려 하고 있으며, 셋째, 이 계획에 반대한 이색(李穡) · 조민수(曺敏修) 등 10명은 살해되고 우현보(禹玄寶) 등 9명은 유배되었다는 것이다. 이에 유배 중인 재상들이 자신을 보내 이 사실을 명나라에 알리게 했으며, 명나라에서 친왕(親王)을 파견하여 군대를 동원해 이성계 등을 토벌해 주기 바란다고 하였다.
1389년 11월, 공양왕의 즉위를 알리기 위해 파견되었던 고려의 사신 왕방(王昉)과 조반(趙胖)이 이 사실을 명나라 측으로부터 듣고 이듬해인 1390년(공양왕 2) 5월에 귀국하여 고려 조정에 알렸다. 이에 대간(臺諫)들은 무고에 연루된 사람들을 국문(鞠問)할 것을 주장하였다. 결국 윤이와 이초가 개인적으로 꾸민 일로 결론지어짐으로써 사건은 일단 종결되는 듯하였다.
그러나 무고에 연루되었던 김종연(金宗衍)이 도망해 무고에 실제로 관계했음을 스스로 인정하는 결과가 되어, 이를 계기로 사건이 확대되었다. 이때 무고에 연루되었던 사람들과 이들의 공초(供草)에서 드러난 사람들이 연달아 체포되었다. 여기에는 이색 · 이림(李林) · 우현보 · 우인렬(禹仁烈) · 정지(鄭地) · 이숭인(李崇仁) 등 당대 정계의 거물들이 대거 포함되어 있었다. 이들을 개경의 순군옥(巡軍獄)과 청주 옥(淸州獄)에 가두고 국문하였는데, 며칠 만에 옥사하는 사람이 생길 정도로 가혹했다고 한다. 그러나 이들이 끝내 불복함으로써 실제 관련 사실을 확증할 수 있는 증거는 나오지 않았다. 마침 청주에 홍수가 발생하자 공양왕은 관련자들을 모두 석방하였고, 정몽주(鄭夢周)의 건의를 받아들여 전국에 대사면을 실시하였다.
이후 고려 정부는 정도전(鄭道傳)을 변무사(辨誣使)로 명나라에 파견하여 윤이 · 이초의 주장이 거짓이라고 해명하며, 명에서 직접 사신을 파견해서 이 사건을 조사할 것을 제안하였다. 명나라에서도 이 사건을 윤이와 이초의 개인적인 책동이라 판정하여 두 사람을 처벌함으로써 사건을 마무리 지었다. 이 결정은 곧바로 고려 조정에도 알려졌다.
이후에도 이성계 일파는 꾸준히 사건 관련자를 엄히 처벌할 것을 주장하였다. 그러나 공양왕과 정몽주를 비롯한 반대파의 저지로 처벌은 단행되지 않았다. 이런 까닭에 관련자에 대한 조사와 유배, 사면이 반복되었다.
윤이 · 이초 사건은 두 사람의 돌발 행위에서 비롯된 사건이다. 그러나 그 사건의 여파는 공양왕 즉위 이후 정권의 향배를 둘러싸고 이성계 일파와 반대파 사이의 권력 투쟁으로 확산되었다. 이성계 일파는 사건에 연루된 이색 등 반대파를 일거에 제거하고자 하였다. 그러나 공양왕이 거기에 동조하지 않았고 정몽주를 비롯한 반대 세력이 반격함에 따라 그 뜻은 이루어지지 못했다.