1958년 6월 16일 조선과학원 산하의 의학과학연구소와 약초원(藥草園), 보건성 산하의 미생물연구소 · 위생연구소 · 약품분석검정소와 중앙수혈처(中央輸血處)를 통합하여 조선의학연구원으로 설립되었으며, 1963년 11월 5일 현재의 조선의학과학원으로 개편되었다.
23개의 연구소와 2개의 약초시험장, 5개의 생산공장, 그리고 부속병원 등으로 구성되어 있다. 특히, 이 연구원의 경락(經絡)관계 연구는 생명유기체의 자기갱신에 관한 새로운 학설을 세워 경락연구체계를 구체화한 것으로 알려지고 있으며, 한의학(韓醫學)을 중시하여 산하에 동의학연구소(東醫學硏究所)를 두고 있다.