본관은 청주(淸州). 자는 명길(鳴吉), 호는 구암(久菴). 정선군수 한승원(韓承元)의 증손으로, 할아버지는 문천군수(文川郡守)한여필(韓汝弼)이고, 아버지는 판관 한효윤(韓孝胤)이며, 어머니는 예빈시정(禮賓寺正) 신건(申健)의 딸이다. 민순(閔純)의 문인이다.
1579년(선조 12) 생원시에 합격하고, 1585년 교정청(校正廳)이 신설되자 정구(鄭逑) 등과 함께 교정낭청에 임명되어 『경서훈해(經書訓解)』의 교정을 보았다. 1586년 중부참봉(中部參奉)이 되었으며, 이어 경기전참봉·선릉참봉 등에 제수되었으나 재직중 병으로 사직하였다.
1589년 정여립(鄭汝立)의 모반사건 때 자살한 정여립의 시신을 거두어 정성스레 염(殮)하였다. 그러나 뒤에 그 사실이 발각되고, 또한 정여립의 생질인 이진길(李震吉)과 친분이 두터웠다는 이유로 연좌되어 장형(杖刑)을 받고 귀양을 갔다.
임진왜란 때 대사면령으로 석방되었는데, 귀양지에서 적군에게 아부해 반란을 선동한 자들을 참살한 공로로 내자시직장(內資寺直長)에 기용되었다. 1595년 호조좌랑, 1601년 형조좌랑·청주목사, 1607년 판결사·호조참의 등에 기용되었다. 이듬해 선조가 죽자 빈전도감당상(殯殿都監堂上)이 되어 상례(喪禮)를 주관하였다.
1610년(광해군 2) 강원도안무사(江原道安撫使), 1611년 파주목사에 기용되었다가 사임하고 양주의 물이촌(勿移村)에 거하였다. 역학(易學)에 해박해 선조 때부터 편찬하기 시작했던 『주역전의(周易傳義)』의 교정을 보았다. 그리고 실학의 선구자로서 실증적이며 고증학적인 방법으로 조선의 역사·지리를 연구하였다.
또한 종래 역사가들의 학설을 비판·수정해 이 방면에 새로운 관심을 고양하였다. 그 결과 『동국지리지』의 저술과 『기전고(箕田考)』 가운데 실린 「기자도(箕子圖)」·「기전설(箕田說)」 등의 저술을 남겼다. 이 밖에 저서로 『구암집』이 있다. 영의정에 추증되었으며, 원주의 칠봉서원(七峰書院)에 제향되었다.