충청도·전라도의 조운 업무를 담당했다. 조운시에 각 조창(漕倉)을 순회하며 세곡의 선적을 감독하고 각 읍의 수령·색리 등의 압령관(押領官)을 독려해 조선(漕船)을 경창(京倉)에까지 무사히 도착하도록 하는 임무를 수행했다.
이때 수군절도사와 각 포(浦)의 만호(萬戶)는 조선을 호송해 침몰 사고에 대비했다. 본래 고려시대에는 연해안에 설치된 각 조창에 판관을 두어 세곡을 수납하고 이를 운반하도록 하였다. 조선의 건국과 더불어 조운의 중요성이 강조되면서 이를 주관할 관서와 담당자가 필요하게 되었다.
국초에는 사수감(司水監)에서 이를 주관하도록 하고 조운체찰사(漕運體察使)를 특별히 임명, 조운 업무를 감독하게 하였다. 그 뒤 사수감은 사재감(司宰監)·사수색(司水色)으로 명칭이 바뀌었다. 세종 때에는 잠시 의염색(義鹽色)에 예속되었다가 다시 전문 운송부서로서 전운색(轉運色)으로 승격, 독립하고 책임자를 도전운사(都轉運使)라 하였다.
세조 때 관선조운책(官船漕運策)을 확립하면서 조전경차관(漕轉敬差官)을 임명, 조운을 총괄하도록 하였는데 이는 임시 관원에 불과하였다. 그 뒤 1461년(세조 7) 경기 좌도·우도의 예에 따라 전라도수참전운판관(全羅道水站轉運判官)을 두고 이어서 충청도 조운업무까지 겸임시켰다.
≪경국대전≫을 제정하면서 조운업무를 전함사가 주관하게 하고 예하에 전라도·충청도의 수참전운판관을 해운판관으로 개칭, 이에 소속시키매 해운판관이 조운의 책임자가 되었다.
그러나 성종 때 세곡의 수납은 국가재정상 중대 업무라는 이유로 자신이 맡고 있는 도(道)의 관찰사로 하여금 직접 수납과 발선을 책임지도록 함으로써 해운판관은 폐지되었다.
그 뒤 조운의 중대성이 제고되면서 유순(柳洵)의 강력한 주장으로 1509년(중종 4) 해운판관이 다시 부활되어 조운 업무를 감독했는데, 실제 해상 운송에 밝지 못한 자가 해운판관에 임명되어 침몰 사고가 자주 일어났다. 그리하여 15척 이상의 조선이 침몰하면 파직시키는 등 감독을 철저히 하도록 관리 규정을 법제화하였다.
조선 후기 1697년(숙종 23)에는 충청도·전라도의 도사(都事)로 하여금 각기 해운 판관을 겸하도록 하였다. 1762년(영조 38)에 충청도 해운 판관을, 1779년(정조 3)에 전라도 해운 판관을 각각 혁파하고, 아산현감과 군산·법성 첨사(僉使)로 하여금 소관 조창의 세곡을 조운하도록 했다.
이로써, 해운판관 제도는 폐지되었다. 이는 조운제 자체의 기능이 약화되고 임선제(賃船制)가 발달하는 시대적 상황 때문이기도 하였다.