본교는 불교정신을 바탕으로 학술과 인격을 연마하고 민족과 인류사회 및 자연에 이르기까지 지혜와 자비를 충만케 하여 서로 신뢰하고 공경하는 이상 세계를 구현한다는 취지하에 설립되었다. 설립자는 조선불교 전북교구 교무원장 정봉모이다.
1947년 7월 1일 금산사 경내에 6학급 규모의 금산중학원 설립 인가를 받았고 같은 해 10월 30일 개교하였다. 1949년 6월 15일 현 교사가 위치한 전북 김제시 쌍용리 470번지로 이전하였으며 1949년 8월 9일 6학급 4년제의 금산초급중학교로 변경 인가를 받았다. 1950년 금산중학교로 교명을 변경하였다. 1951년 8월 31일 교육법 개정에 따라 중학교 3년제로 변경하였고, 1978년 12월 5일에 학칙변경으로 21학급을 인가받았다. 2004년 6월 12일에 학교법인 동국대학교로 법인 명칭을 변경하였다. 2005년 5월 15일 동국대학교 사범대학 부속 금산중학교로 교명을 변경하였다. 2009년 7월 1일 제36대 이사장 정련 큰스님이 취임하여 오늘에 이르고 있다.
교훈은 ‘새롭게 생각하고 바르게 실행하자’이며, 교화는 철쭉, 교목은 느티나무, 교조는 까치이다. 교육이념은 ‘도덕적인 사람, 건강한 사람, 슬기로운 사람’이며, 교육목표는 ‘도덕인 · 면학인 · 건강인 · 창조인’의 구현이다.
특색사업으로 결손가정 학생들의 인성과 학습의 체계적 지도를 위해 교사와 학부모 봉사자가 멘토가 되어 생활습관, 학습활동, 여가활동 등을 지도하는 멘토링을 통한 학력관리제를 운영하고 있다.
2010년 3월 현재 학생 수는 총 3개 학년 6학급 121명이 재학 중이며, 교직원은 23명이다. 2010년 2월 9일 제61회 졸업식을 거행하여 졸업생 51명을 배출하였으며 지금까지 누적된 총 졸업생 수는 1만 395명이다.