본교는 불교정신을 바탕으로 학술과 인격을 연마하고 민족과 인류사회 및 자연에 이르기까지 지혜와 자비를 충만케 하여 서로 신뢰하고 공경하는 이상세계를 구현한다는 취지하에 설립되었다.
1948년 9월 2일 영정고등공민학교로 설립인가를 받아 같은 해 9월 7일에 표충사에서 개교하였으며 초대 이사장인 오응석 선생이 학교장으로 취임하였다. 1951년 6월 1일 삼성고등공민학교로 교명을 변경하였으며 1953년 6월 1일단장리 808번지로 교사를 이전하였다. 1953년 10월 16일 재단법인 표충서원 설립 인가를 받고 이듬해인 1954년 3월 13일에 홍제중학교 설립 인가를 받았다. 1972년 9월 13일 표충서원을 동국학원에 합병하였다. 2004년 6월 12일 법인명을 ‘동국학원’에서 ‘동국대학교’로 개칭하였고, 2005년 5월 9일 동국대학교 사범대학 부속 홍제중학교로 교명을 변경하였다. 2009년 3월 특수학급 1학급을 신설하였다.
교훈은 ‘근면한 생활, 올바른 행동’이며, 교목은 향나무, 교화는 국화이다. 교육목표는 ‘작지만 강한 학교, 효를 실천하는 행복한 학생, 감동을 주는 존경받는 스승’의 구현이다. 방과후 학교로 풍물반을 특성화하여 운영하고 있다. 경남중등학생학예발표대회에 전통음악(퓨전타악) 부문에 2008∼2009년 연속 2회 최우수상을 수상하였다. 전국청소년과학탐구대회에 8회 연속으로 출전했으며 2008년도에는 기계과학 부분에서 대상을 차지하였다.
2010년 3월 현재 교직원은 23명이며, 학생은 110명이 재학 중이다. 2010년 2월 10일 제60회 졸업식을 거행하여 39명의 졸업생을 배출하였으며 지금까지 누적된 총 졸업생 수는 7,553명에 이른다.