불교정신을 바탕으로 학술과 인격을 연마하고 민족과 인류사회 및 자연에 이르기까지 지혜와 자비를 충만케 하여 서로 신뢰하고 공경하는 이상세계를 구현한다는 취지하에 설립되었다.
1930년 6월 20일종로구 수송동 44번지태고사(현 조계사)에 명성학원으로 설립되어 개교하였으며 1933년 6월 7일 명성여학교 설립 인가를 받았다. 1945년 9월 15일종로구 관수동 102번지로 교사를 이전하였으며 1946년 11월 8일 명성여자중학교로 교명을 변경하였다. 1953년 4월 24일에 2학급, 학생정원 100명 규모의 명성여자고등기술학교를 병설 인가받았다. 1966년 11월 18일 학교법인 동국학원에 합병되었다. 1969년 8월 18일 현 교사가 위치한 구의동으로 이전하였다. 2005년 4월 15일 동국대학교 사범대학 부속여자중학교로 교명을 변경하였다.
명성여중고 시절의 교훈은 ‘명랑한 민주 학원’이었으나 현행 교훈은 건학이념의 정체성을 찾아 ‘고운 마음, 옳은 행동’으로 정하였다. 교목은 주목이며, 교화는 연꽃이다. 교육지표는 ‘지혜의 체득, 자비의 실천, 불퇴의 정진’이다. 지역주민과 함께 하는 평생교육으로 ‘평생교육 연화반’을 운영하여 교내 연화당에서 불교의 신행과 예절 교육 및 전통문화 체험교육을 시행하고 있다.
1997년 12월 30일에 학교경영 우수학교 표창을 받은 것을 시발점으로, 2007년 5월 11일 학교홈페이지 운영 우수학교 표창에 이르기까지 14회나 각종 우수학교에 선정되는 영예를 안았다.
2010년 3월 현재 3개 학년 30학급을 갖추고 있고, 965명의 학생이 재학 중이며, 교직원은 모두 91명이다. 지금까지 누적 졸업생 수는 30,346명에 이른다.