불교정신을 바탕으로 학술과 인격을 연마하고 민족과 인류사회 및 자연에 이르기까지 지혜와 자비를 충만케 하여 서로 신뢰하고 공경하는 이상세계를 구현한다는 취지하에 설립되었다.
1930년 6월 20일조선불교여자청년동맹의 발의로 2년제의 명성학원을 종로구 수송동태고사(현 조계사) 경내에 설립하여 개교했다. 1933년 3월 18일 제1회 졸업생 8명을 배출하였다. 1933년 6월 7일 숭동여학교와 병합하여 명성여학교로 인가를 받았다. 1945년 9월 15일종로구 관수동 102번지로 이전하였다. 1946년 6월 3일 수업연한 6년제 인가를 받았다. 1951년 8월 31일 교육법 개정으로 명성여자중학교와 명성여자고등학교로 분리되었다. 1967년 10월 12일 학교법인 동국학원의 경영 인가를 받았다. 1971년 5월 30일광진구 구의1동 238-1번지로 신축 이전하였다. 2005년 3월 7일 동국대학교 사범대학 부속여자고등학교로 교명을 변경하였다.
교훈은 ‘고운 마음, 옳은 행동’이며, 교목은 목련나무, 교화는 연꽃이다. 2009년 12월 학교평가 우수학교, 학력신장방안추진 우수학교, 환경교육 우수학교 교육감 표창을 받았다. 특별활동으로서 한국우주정보소년단, 방송반, 도서부, 교지출판부, 연극반, 만화부, 컴퓨터부, 한별단, 신문반 등의 학생 동아리활동이 이루어지고 있다. 학교 축제로 연향제를 열고 있으며, 교지『성원』을 발행한다.
2010년 5월 현재 39개 학급을 갖추고 있고, 학생 1,388명이 면학하고 있으며, 교사는 총 85명이다. 2010년까지 본교의 총 졸업생 수는 33,961명에 이른다.