본교는 어려운 농촌에서 배우고자 하는 이들에게 향학의 문을 열어주고 근검을 삶의 본질로 하여 꿈을 키우는 전당을 육성한다는 취지하에 설립되었다. 1948년 4월 11일 학교법인 익성학원의 설립 인가를 받았다. 같은 해 9월 20일에 익성 지태순 선생이 재단법인 익성학원(益城學院)을 설립하였으며, 동시에 익산중학원(益山中學院 : 익산중학교 전신)을 개교하였다. 이때 익산중학원에 128명이 입학하여 금마국민학교에서 2개 교실을 임시 빌려 제1회 입학식을 가졌다.
임시 가교사인 금마국민학교에서 윤치병 목사의 배려로 다시 금마복음교회당으로 옮겨 교육하였다. 이후 1949년 6월 2일에 설립자 지태순 선생의 기부지인 익산시 금마면 동고도리 565번지 현 위치로 가교사를 이전하였고, 같은 해 8월 4일 본관을 기공하였다. 1951년 6월 29일 재단법인 익성학원의 설립 인가를 받았다. 1965년 1월 7일 재단법인을 학교법인으로 개칭하고 익성학원도 익성학원(益城學園)으로 변경되었다. 1951년 7월 1일 교육법 제정 공포에 따른 일원적 교육체제와 6.3.3.4제의 학제개편으로 익산중학원에서 정규 6학급인 익산중학교로 승격되었다. 1951년 8월 30일 제1회 졸업식을 갖고 54명의 졸업생을 배출하였다.
1962년 12월 18일에 학급수가 9학급으로 증설되고 특별교실 6개가 완공되어 학교 성장의 발판을 마련하게 되었다. 1970년 3월 1일 12학급으로 증설되었으나, 같은 해 7월 10일 불의의 화재로 본관 8개 교실이 전소되는 비운을 겪었다. 설립자의 사재 헌납으로 그해 12월 12일에 12개의 교실을 준공하여 정상적인 학교 모습을 갖추게 되었다. 1980년대 당시 농촌지역 학교에서 보기 힘든 최신식 현대식 건물과 특별교실, 신형 교재 · 교구를 완비하고 농촌의 원거리 학생을 위하여 통학버스를 운영하였다. 이후 1996년 9월 21일 익성기념관을 개관하였고 이듬해 10월 22일 신 교사 17실을 준공하였다.
교훈은 ‘자립, 단결, 봉사’이며, 교목은 은행나무(건강 · 진취 · 전통을 상징), 교화는 장미(순결 · 정열 · 신비감을 상징)이다. 본교는 수월성교육을 지향하고 있으며, 전국 특성화자율학교로서 선정되었다. 농촌 우수고교로 발돋움할 수 있도록 2009년도부터 영재장학생 반을 2개 학급으로 늘려 지원을 강화하고 있다. 체육활동부로서 검도 · 육상 · 볼링부를 육성하여 체육특기자 선수를 발굴해서 훈련하는데 예산을 지원하고 있다.
한편 외국과의 국제교류를 활성화하기 위해 일본 · 중국 학교와 자매결연을 추진하고 있다. 또한 인근 장애우 학교인 혜화학교와 통합교육을 실시하여 체험중심의 인성교육에 힘을 쏟고 있다.
2009년 현재 9학급으로 편성되어 있고, 재학생은 223명이며, 교원은 17명으로 구성되어 있다. 2009년 2월 9일 제59회 졸업식이 거행되어 졸업생 72명을 배출하였으며, 2009년까지 누적된 졸업생 수는 총 9,474명이다.