대웅전(大雄殿)은 석가 삼존불을 주불로 모신 전각으로, 오어사(吾魚寺)의 중심 건물이다. 오어사의 창건은 신라 진평왕대로 전하지만, 대웅전의 초창 연대는 전하지 않는다. 지금의 대웅전은 1741년(영조 17)에 중수한 것이 원형이다. 건물의 규모는 정면 3칸에 측면 2칸으로 팔작 기와지붕을 얹었으며, 포작은 3출목의 다포형식이다. 1985년에 경상북도 문화재자료로 지정되었다가 2012년 10월 22일에 경상북도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 승격 지정되었다.
운제산 자락에 위치한 오어사는 신라 진평왕 때 자장율사(慈藏律師)가 창건한 것으로 전해진다. 그러나 오어사는 대웅전을 중심으로 좌우의 요사채와 전면에 설치된 금강문이 작은 마당을 이루는 조선 중기적 배치를 보이고 있다. 따라서 대웅전의 중건 시점은「대웅전 상량문(大雄殿上樑文)」에 근거하여 1741년(영조 17) 4월 21일임을 확인할 수 있다.
오어사 대웅전은 석가 삼존불을 모신 전각으로, 삼존불은 안상이 3단으로 구성된 수미단 위에 안치하고 그 뒤에는 불벽을 구성하여 불화를 걸었다. 후불탱 외에 대웅전에는 삼장탱, 신중탱, 지장탱이 봉안되었다. 삼존불의 상단에는 연꽃 봉우리가 조각된 닫집을 설치하여 화려하게 장엄(莊嚴)하였다. 의례를 행하는 대웅전 내부 바닥은 마루를 깔았고, 천정은 우물반자로 마감하여 연꽃무늬로 단청했다.
건물 규모는 정면 3칸에 측면 3칸으로, 잘 다듬어진 자연석을 5층으로 쌓아올려 기단을 형성하였고 그 위에 덤벙주초를 놓은 후 원형기둥을 세워 상부 가구를 구성하였다. 지붕은 겹처마 팔작으로 기와를 얹었다. 포작은 기둥 상부에 평방을 놓고 기둥 위뿐만 아니라 기둥 사이에도 공포를 2개씩 배설하는 다포 형식을 취했다. 공포는 외2출목으로 구성했으며, 공포 상부에 놓여 밖으로 돌출되는 보머리는 봉황 머리를 조각하고 귀포의 상부는 용머리를 조각했다.
대웅전 정면 3칸에는 모두 청판이 있는 꽃살 삼분합문을 달았다. 분합문은 하부에 청판, 중간부에 꽃살, 상부에 빗살을 두는 방식으로 구성되었다. 꽃살은 꽃이 피어나는 모양을 조금씩 달리 표현하여 다양성을 주었으나, 전체적으로 통일된 형태다. 양 측면에는 창호와 출입문을 두지 않았지만, 후면 어칸의 중심부에 전면과 같은 꽃살청판문을 외여닫이로 시설하였다.