1709년(숙종 35)에 계축옥사(癸丑獄事) 때 연루되어 고성(固城)으로 유배왔던 휴옹(休翁) 심광세(沈光世, 1577∼1624)를 제향하기 위해 건립된 서원이다. 1842년(헌종 8)에 고성지역의 임진왜란 의병장이었던 이달(李達)을 도산서원(道山書院)에서 이봉(移奉)하였다. 1868년(고종 5)에 서원 철폐령으로 훼철된 후 복설되지 못하였다.
현전하는 유촌서원 자료들은 후대에 기록된 것이어서 건립 연대와 명칭에서 차이가 나타난다. 자료를 정리하면 유촌서원이 1699년(숙종 25) 유월리(柳月里)에서 유월사(柳月祠)라는 사우로 창건된 이후 1709년에 건물의 중수를 거쳐 서원으로 승격하였다고 볼 수 있다. 실제 고성지역에서는 17세기 이래로 유력 가문을 중심으로 문중서원과 사우의 건립이 본격화되고 있었다.
인조반정과 갑술환국을 거치면서 영남지역 특히 경상우도에서의 사환(仕宦)은 더욱 어려워졌으며, 사족 사회의 정치적 분립과 신분 내 분화가 급속히 진행되었다. 특히 고성지역은 임란을 겪으면서 극심한 피해를 입었던 곳이었기에 전란 이후 사회·경제적 정도에 따라 분화가 극심히 일어났다. 그 과정에서 향촌 내 기득권 유지를 위해서 서인 내지 노론화한 인사들이 중심이 되어 서인의 핵심 세력이었던 청송심씨(靑松沈氏)와의 연대를 위해 고성에 유배 왔던 심광세를 제향하는 서원을 건립한 것으로 추정된다. 또한 서원 건립에 주도적 역할을 한 자들도 고성에 거주하는 서인계 내지 새롭게 사족이 된 신향(新鄕)들로 추정된다.
1842년에는 도산서원에 제향되어 있던 이달의 위패를 옮겨와 봉안하였는데, 이것은 도산서원이 전주최씨(全州崔氏) 문중서원으로 변모하였기 때문이다. 이달은 퇴계 이황의 문인이었으며, 어머니는 전주최씨로 임진왜란 당시 외종숙인 최균(崔均), 최강(崔堈)과 창의하였다. 그 공으로 선무원종공신 2등에 녹훈되고, 양산군수 등 여러 관직을 역임하였다. 이러한 인연으로 도산서원에 최균, 최강 형제와 함께 제향 될 수 있었던 것이다.
이후 고성지역 내 기득권을 둘러싼 각 가문 간의 대립이 심화되면서 결국 위패를 옮기게 되었지만, 이달의 고조할아버지인 이의형을 제향하는 곤의서원이 아닌 유촌서원을 선택하였다. 그것은 함안이씨들이 퇴계로 대표되는 남인이 아닌 노론계로의 전향을 의미한다고도 볼 수 있다. 즉 19세기 초반 대표적 세도가문이었던 청송심씨 내지 노론계 지방관에 힘입어 다른 가문들을 견제하려는 목적에서 취한 조처였다.
조선 후기 서인계 서원이 영남학파로 대별되는 남·북인계 지역에서 창건 유지되어 가는 과정을 확인할 수 있는 서원이다.