경제활동이 점차 복잡 · 다양해지면서 세금에 대한 불복이 늘어나게 되었고 납세자와 과세 관청 사이에 다툼이 발생하는 경우 독립적인 지위에서 중립적으로 심리 · 판단하여 납세자를 구제할 필요가 생겼다. 조세심판원(租稅審判院)은 위법 · 부당한 과세 처분이 있는 경우 행정심판 단계에서 신속한 구제를 위한 역할을 담당하고 있다.
조세심판원의 조직은 원장과 심판부, 조사관실 및 행정실(행정팀 · 조정팀 · 기획팀)로 구성되어 있다. 2020년 9월 조세심판원 직제 개편으로 심판부에는 8명의 상임조세심판관(常任租稅審判官: 국세 관련자 6인, 지방세 관련자 2인)이 있으며, 하부 조직으로 심판조사관과 사건조사담당자 등이 있다. 조세심판관은 상임조세심판관 이외에 비상임조세심판관(非常任租稅審判官)이 있다. 비상임조세심판관은 교수, 변호사 등 조세 분야의 민간 전문가들로서 조세심판관회의에 참여한다.
조세심판관회의는 조세심판관 3분의 2 이상의 출석으로 개의하여 출석 조세심판관 과반수의 찬성으로 의결한다. 심판 청구 대상이 소액 · 경미한 경우에는 주심조세심판관이 단독으로 심리하여 결정할 수 있다. 종전 심판결정례를 변경하거나 조세심판관회의 간 결정의 일관성 유지를 위하여 필요한 경우, 기타 조세 행정에 중대한 영향을 미칠 것으로 예상되는 사건의 경우에는 조세심판관합동회의를 거쳐서 결정될 수 있다.
조세심판원에서 납세자의 주장을 받아들이는 결정을 하게 되면 해당 과세 처분은 취소되고 납세자는 즉시 권리 구제를 받게 된다. 조세심판원에서 구제받지 못하는 부분은 추가로 법원에 소를 제기하여 추가적인 권리 구제 절차를 진행할 수 있다.
조세심판원의 전신은 1975년 4월 개소한 국세심판소이다. 당시 조직은 국세심판소장과 상임심판관(4인), 비상임심판관(4인 이내), 조사관(4인)과 행정실로 구성되었다. 이후 국세심판소직제 변경에 따라 조직의 신설 · 통합, 심판부의 감축 · 증설 등의 변화가 있었다. 1994년 12월에는 재무부 소속 국세심판소에서 재정경제원 소속의 국세심판소로, 1998년 2월에는 재정경제원 소속의 국세심판소에서 재정경제부 소속의 국세심판소로 변경되었다. 2000년 1월에는 기관의 명칭이 국세심판원으로 변경되고 국세심판관회의가 신설되었다. 2008년 2월 정부조직 개편에 따라 조세심판원이 신설되었다. 기존에 국세심판원이 수행하였던 국세(관세 포함)에 관한 심판과 행정자치부에서 수행하였던 지방세 심사 청구가 조세심판원으로 일원화되었다.
조세심판원의 조세심판 청구는 이의 신청이나 심사 청구와는 달리 심판관의 독립성 보장, 준사법적 심판 절차 등의 제도적 장치를 마련하고 있다. 또한 청구 주장이 받아들여지면 과세 관청은 결정 취지에 따라 필요한 처분을 하여야 하고 납세자는 확정적으로 권리 구제가 된다. 이러한 점에서 대법원의 최종 판결을 받기까지 수년이 소요되는 소송에 비하여 신속한 권리 구제가 가능한 점이 장점으로 여겨진다. 그러나 조세심판원의 과도한 업무량과 전문성 부족 등의 비판적인 견해들이 존재한다. 특히, 심판관이나 조사관이 처리할 수 있는 사건 수에 비해 사건이 너무 많이 몰려 사건이 처리되지 못하고 지연되는 문제가 있다. 이에 따라 조세심판원은 2023년 4월 ‘납세자의 권리 보호 강화 방안’을 발표 · 시행하여 신속한 사건 처리 · 공정한 심판 결정 · 전문성과 책임성 강화를 위한 방안을 모색하고 있다.