고려 공민왕 때 월곡리에 있던 학당사(學堂祠)를 옮겨와 1512년(중종 7) 고창향교로 명칭을 변경한 뒤 현유(賢儒)의 위패를 봉안, 배향하고 지방의 유학교육을 실시하였다.
1589년(선조 22)에 중건하고 순종 때 현재의 대성전과 명륜당을 중수하였다. 1966년 동재 · 서재와 명륜당을 보수하였고, 1974년 대성전 · 공복루를 보수하였다.
현존하는 건물은 대성전 · 동무 · 서무 · 명륜당 · 동재 · 서재 · 공복루 · 서적고 등이 있다. 대성전은 정면 3칸, 측면 2칸의 맞배지붕 건물이며, 명륜당은 정면 5칸, 측면 3칸이고, 동재 · 서재는 정면 3칸, 측면 2칸이다. 전학후묘(前學後廟)방식으로, 명륜당의 경우 뒤쪽이 누각식이고, 좌우에 온돌방이 붙어 있는 형식이다.
대성전에는 5성(五聖), 송조4현(宋朝四賢), 우리 나라 18현(十八賢)의 위패가 봉안되어 있다. 조선시대는 국가로부터 전답과 노비 · 전적 등을 지급받아 교관이 교생을 가르쳤으나, 현재는 교육적 기능은 없어지고 봄 · 가을에 석전(釋奠)을 봉행하고 초하루 · 보름에 분향을 올리고 있으며, 전교(典校) 1명과 장의(掌議) 수명이 운영을 담당하고 있다.
이 향교의 특징은 다른 향교보다 비교적 많은 전적이 소장되어 있다는 점이다. 1982년의 조사결과 80종 464책의 서적이 보관되어 있었는데, 그 중 『향안(鄕案)』 · 『청금록(靑衿錄)』 등은 지방사연구의 귀중한 자료가 되며, 그 밖에 이 지방 학자들의 문집이 많이 소장되어 있다. 이 향교의 대성전은 1984년 전라북도 문화재자료(현, 전북특별자치도 문화유산자료)로 지정되었다.