대한불교조계종 제9교구 본사인 동화사(棟華寺)의 말사이다. 1263년(원종 4)에 일연(一然)이 중창하였으며, 1653년(효종 4) 인혜(印惠)가 중건하였다.
1767년(영조 43) 모계(慕溪)가 중창한 뒤 팔공산 내의 북지장사와 서로 대칭되는 곳에 위치한 절이라 하여 남지장사라 하였다.
현존 당우는 대웅전·명부전·누각·요사채 등이 있으며, 영조 이래의 건물로서 조선시대에 흔히 볼 수 있는 가람배치를 형성하고 있다.
즉, 북쪽 정면의 대웅전을 중심으로 그 전면에 누각을 두고 다시 대웅전과 누각 좌우에 요사를 배치하고 있다. 법당은 3칸의 맞배지붕 형식으로 구성되었으며 기둥에는 배흘림 수법이 나타나 있다.
전면의 문창살에는 격자문의 조각을 부착하였다. 대웅전의 축대는 잘 다듬은 고식을 유지하였으며 그 전방에는 석재들이 흩어져 있다.
누각에는 이 절의 대웅전과 명부전 등 각 요사의 중수기와 청련암 상량문, 남지장사 경자갑계유공록(庚子甲稧有功錄)을 비롯, 전우소화중수기(殿宇塑畫重修記) 등의 현판이 즐비하다. 동구에는 조선시대에 제작된 전형적인 석종형(石鐘型) 부도 여러 기가 있다.