대한불교조계종 제15교구 본사 통도사(通度寺)의 말사인 내원사(內院寺)의 부속암자이다. 646년(선덕여왕 15)에 원효(元曉)가 창건하였으며, 1905년에 효은(曉隱)이 중창하였다고 한다. 전국에는 원효암이라는 이름을 가진 암자가 10여 개소 있으나 가장 으뜸 되는 원효암으로 꼽힌다.
원효가 이곳에 머무르면서 수도하였을 뿐 아니라, 중국에서 화엄교학(華嚴敎學)을 배우러 온 1,000명의 수행자들을 가르쳐 도를 깨치게 하였기 때문이다. 따라서 많은 고승 대덕들이 수행처로 삼아 머물렀으며, 1976년에 경봉(鏡峯)이 종각을 짓고 범종을 조성하고 종명(鐘銘)을 지었다.
현존하는 당우로는 원효암이라는 편액이 걸린 법당을 비롯하여 미륵전 · 산령각 · 범종각 등이 있다. 경산 원효암 마애여래좌상은 2006년에, 양산 원효암 석조약사여래좌상과 복장유물 및 양산 원효암 마애아미타삼존불입상은 2005년에 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.