내원암(內院庵)은 갑사(甲寺)에 소속된 암자로, 석가모니와 관세음보살을 모신 불전과 누각 및 생활이 가능한 온돌방으로 구성되었다. 처음 건립된 시기는 정확하지 않지만, 조선 후기에 세웠을 것으로 전해진다. 현재 내원암의 모습은 1979년에 쇠락했던 것을 중수한 것으로, 2011년 7월 20일에 충청남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.
건물은 정면 7칸에 측면 2칸인 몸채와 서쪽 정면 2칸 측면 2칸의 누마루, 서쪽 후면의 정면 1칸 측면 2칸의 온돌방으로 이루어져 있다. 건물의 전체 형태는 ‘정(丁)’자형이다. 몸채의 지붕은 겹처마 팔작이고, 누마루와 온돌이 있는 쪽은 맞배지붕이다. 몸채의 전면 퇴에는 출목 이익공 형식을 포로 구성한 것이 특징적이다.
내원암은 계룡산 북쪽 자락의 갑사에 소속된 작은 암자로, 갑사로부터 동북쪽 후면에 자리하고 있다. 건립된 시기는 정확하지 않다. 그러나 건물의 공포 구성 방식이나 기단 등의 수법을 볼 때, 조선 후기에 건립한 것으로 추정된다. 현재 건물은 쇠락했던 것을 1979년에 중수한 것이지만, 조선 후기의 특징을 그대로 간직하고 있다.
내원암은 급한 구릉에 3단 석축을 쌓아 대지를 조성하고 그 위에 동남향하여 건립된 건물이다. 내원암의 몸채가 되는 곳의 가운데 대청 3칸은 예불 공간으로 석가모니와 관세음보살을 모셨고, 동쪽에는 온돌방 3칸을 꾸며 스님이 거처하는 곳으로 사용하도록 했다. 몸채 서편에도 방 1칸을 두고 그 앞쪽으로 누각을 구성하여 하부는 창고로 꾸몄다. 몸채의 전퇴에는 우물마루를 깔아 각 공간을 오가는 통로의 기능을 하도록 하였다.
건물의 평면 형태는 ‘정(丁)’자형으로 정면에서 보았을 때, ‘일(一)’자형 몸채에 좌측 앞뒤로 뻗은 날개채를 달아 놓았다. 몸채는 정면 7칸, 측면 2칸에 전후로 반칸씩 퇴칸을 두었다. 몸채의 서쪽에는 앞으로 정면 2칸, 측면 2칸 규모의 누마루를 달아내었다. 또 서쪽 후면에는 정면 1칸, 측면 2칸의 방을 덧붙였다. 이러한 평면은 필요에 따라 증축하였기 때문에 나타난 것으로 보인다.
기단은 거칠게 다듬은 막돌로 쌓았으며, 덤벙주초 위에 원기둥을 올려 상부가구를 구성했다. 내원암은 몸채의 정면에만 1출목 이익공을 구성했는데 살미의 끝은 사절하고 조각을 생략하였으며, 기둥 사이에는 화반을 두었다. 이러한 공포 형식은 조선 후기에 나타나는 형태다.