영어의 ‘pastor’에 해당하며 신약 성서의 목양(牧羊)이라는 직능을 의미한다. 교인들의 공동의회에서 선출되는 교회 안의 다른 교직과는 달리, 목사는 정규 신학 과정을 이수한 뒤 일정 기간 동안 교회 치리 기관(治理機關)의 지도 아래 훈련을 마치고 정식 안수(按手)를 받은 다음, 기존 교회의 청빙을 받아야 목사로서의 기능을 발휘하게 된다.
목사의 자격은 교파나 교단마다 약간의 차이가 있다. 대한예수교장로회(통합)의 경우 세례 교인(입교인)으로 7년이 경과하고, 총회직영 신학 대학원을 졸업하여 2년 이상 교역 경험을 가진(군목과 선교 목사는 예외) 총회목사고시에 합격한 30세 이상의 사람에 한한다.
감리교의 경우 목사로 안수받을 이는 준회원 2년 과정을 마치고 연회 과정 고시와 자격 심사를 통과한 후 연회에서 재적 회원 과반수의 출석과 출석 회원 3분의 2 이상 찬성을 받아야 한다. 국외 선교사로 파송할 이와 군종 사관 후보생은 예외로 한다.
목사의 칭호는 매우 다양하다. 장로교의 경우 위임 목사를 비롯하여 총 13개가 있다. 위임 목사는 지교회의 청빙으로 노회의 위임을 받은 목사다. 담임 목사는 노회의 허락을 받아 임시로 시무하는 목사로 시무 기간은 3년이다. 부목사는 위임 목사를 보좌하는 목사로 임기는 1년이며 연임할 수 있다. 전도 목사는 노회의 파송을 받아 국내외 연합 기관과 개척지 등에서 전도하는 목사다. 기관 목사는 총회나 노회 및 관계 기관에서 교육이나 문서 사업에 종사하는 목사다. 선교 목사는 다른 민족에게 전도하기 위하여 외국에 파송된 목사다. 교육 목사는 위임(담임)목사를 교육 분야에서 보좌하는 목사다. 이외에도 원로 목사, 공로 목사, 무임 목사, 은퇴 목사, 군종 목사가 있다. 감리교의 경우 준회원과 정회원의 위계가 있어서 일정한 자격 심사를 통해 정회원이 될 수 있다.
한국 개신교 최초의 목사는 감리교의 경우 1901년 김창식(金昌植), 김기범(金基範)이 장립(將立)되었고, 장로교의 경우 1907년 독로회(獨老會)가 조직되어 길선주(吉善宙), 서경조(徐景祚), 이기풍(李基豊) 등 7명이 안수를 받았다. 1910년까지는 대개 선교사와 같은 자격의 목사로 일하다가 그 뒤 단독 목회 당회장(堂會長)으로 교회의 치리(治理)와 예배를 담당하게 되었다.
여성에 대한 목사 안수는 교단마다 다르다. 감리교는 광복 이전부터 여성 목사를 허용하였으며 대한예수교장로회(통합), 한국기독교장로회, 복음 교회 등의 교단은 광복 이후 허용했다. 한편 대한예수교장로회(합동), 대한예수교장로회(고신) 등은 아직도 여성 목사를 허용하지 않고 있다.