1906년 11월 1일에 공립 광주보통학교로 설립되었다. 1895년 7월에 설립된 광주소학교를 흡수하여, 수업연한 4년에 1학급 50명으로 개교하였다. 그 뒤 광주에 또 하나의 보통학교가 세워짐에 따라 1911년 11월에 공립 광주제1보통학교로 교명이 바뀌었다.
1922년에는 수업연한을 6년으로 연장하였으며, 1938년 4월 광주서석심상소학교로 교명을 바꾸고 2년제 고등과를 병설하였다. 1941년에 광주서석공립국민학교로, 광복 이후 광주서석국민학교로 재개교하여 현재에 이르고 있다. 1996년 3월에 광주서석초등학교로 교명을 변경하였다.
2010년 2월 12일 제100회 졸업식을 하였으며, 2010년 현재 졸업생은 총 5만 3,039명을 배출하였다.
2010년 개교 114주년을 맞이하여 현재 16학급에 재학생 349명, 교원 27명이다. 교육목표는 ‘도덕인(德), 사고인(知), 건강인(體), 기능인(技)으로 되어 있다. 2007년 12월 17일 광주 최초로 서석영어센터를 개관하였으며, 2008년에는 광주광역시지정 영어연구학교로 2년간 운영하여 학생들의 영어능력 향상 및 국제화, 개방화시대에 발맞추기 위한 노력을 하고 있다.
또한 1950년 중반부터 각종 대회에 참가하여 명예를 떨친 광주서석 야구부는 춘계야구대회, 기아타이거즈배 야구대회에서 우승하였고, 2010년 제39회 전국소년체전 야구대회에 광주광역시대표로 선발되었다.