국립종축장은 우량 종축의 개량 증식 및 농가 보급 확대 등의 업무를 관장하던 농림부 소속의 국립 기관이다. 제1, 2차 경제개발 5개년계획의 축산 진흥 정책 추진과 함께 1969년 축산시험장에서 분리하여 농식품부 소속의 독립기관으로 설립되었다. 설립 시 축산시험장의 대전·사천지장을 편입하고, 대관령지장을 신설[대통령령 제3799호]하였다. 고능력 종축 보급 등으로 농가 소득 향상에 기여한 성과를 인정받아 1984년 국립종축원으로 승격되었다. 관련 업무가 농협 등 민간에서 발전하여 1994년 농촌진흥청 축산기술연구소로 통합되었다.
제1, 2차 경제개발 5개년계획의 일환으로 축산 진흥 정책 추진과 함께 1968년 8월 5일에 기업 축산 육성책이 발표되고, 1960년 대비 가축사육 두수 증가로 주1의 개량, 증식 및 공급 필요성에 따라 원활한 우수 종축의 생산과 농가 보급을 위해 충청남도 천안시 서북구 성환읍에 설립되었다.
우량 종축을 개량 증식하여 농가에 보급하고, 가축사양 관리 및 초지 조성에 관한 기술개발과 실습을 하였으며, 목장 경영 방법의 시범 사업 등을 추진하였다.
1968년 9월 19일 박정희 대통령이 호주를 방문하였을 때 양국 원수가 공동성명을 발표하였다. 호주의 발전된 축산 기술, 특히 주2 사업이 한국의 산지 개발에 기여할 것을 기대하였고, 축산 기술협력에 대한 합의 내용을 포함하였다. 1971년 4월 6일 양국 정부 간 행정협정을 체결하였다[조약 제375호]. 1976년 12월 10일까지 5년간 운영되었다.
한국 · 호주 양국 정부 정상 간의 공동성명에 근거하여 호주 측은 한국의 면양 산업 발전을 위한 사육 방법과 경영 방법 및 초지 개발에 관한 시범을, 우리 측은 연구원의 훈련, 응용연구, 기술 지도, 생산된 면양의 농가 배부 등을 담당하도록 역할 분담을 하여 우리나라 축산 발전에 기여하는 것을 목적으로 하였다. 한 · 호 면양시범목장은 전라북도 남원군 운봉면 용산리[지금의 전북특별자치도 남원시 운봉읍 용산리] 국립종축장 남원지장에서 운영하였다.
한국의 축산 발전과 산지의 효과적 이용을 위하여 외국의 지원이 필요하였다. 주3 사양에 관한 시범을 보이고 우량 육우를 생산하여 보급하고자 하였다. 1971년 12월 제4차 한 · 뉴 통상장관회의 시 육우시범목장 설치를 합의하였다. 1974년 6월 15일 한 · 뉴 육우시범목장 설치에 관한 양국의 교환각서를 체결하였다. 1974년 4월 22일부터 1978년 4월 30일까지 5년간 운영하였다.
한국의 산지 초지 조성에 관한 기술개발 및 보급, 점증하는 육류 수요에 대비한 육우의 사양, 번식 기술 훈련 제공, 양국 간 축산 기술 제휴로 육우를 증진하는 것을 목적으로 하였다. 한 · 뉴 육우시범목장은 강원도 평창군 도암면 차항리[지금의 강원특별자치도 평창군 대관령면 차항리] 국립종축장 대관령지장에서 운영하였다.
가축의 원종축 [^4]및 가금의 원종금 생산, 우량 목초의 종자 생산, 가축의 인공수정에 관한 기술개발 보급 업무를 담당하였다. 설립 시 국내에 종축을 생산하여 보급할 수 있는 체계가 마련되지 않은 상황에서 종축의 개량과 증식 보급체계를 구축하여 국내 축산업의 조기 정착, 기반 구축에 기여를 하였다. 또한, 축산 선진국의 기술도입을 위해 시범 목장을 운영한 것은 국가 간 우호 증진과 우리나라 축산업 발전에 크게 기여하였다고 평가할 수 있다. 축산기술연구소와 통합될 당시는 민간에서의 종축 생산 보급 기능이 구축되어 그 업무는 축소하고 기관은 통합되었다.