국립축산과학원은 전북특별자치도 완주군 이서면에 있는 국가 단위 축산 기술 연구개발과 기술 보급을 담당하는 국가 연구 기관이다. 1906년 설립된 권업모범장의 후신 기관으로 이후 중앙축산기술원, 축산시험장, 축산기술연구소, 축산연구소로 개칭을 거쳐 2008년에 지금의 명칭으로 개칭되었다. 가축·가금 개량, 영양 사양, 동물생명공학, 반려동물, 축산물 이용, 사료작물, 초지 조성 관리, 축산시설 환경, 가축의 소모성 질병 제어 등 가축 질병 방역 업무를 제외한 축산 관련 전반에 대한 시험·연구와 관련 기술 보급 업무를 맡는다.
1994년 12월 23일 축산시험장과 국립종축원을 통합하여 축산기술연구소를 발족시켰고, 축산기술부[수원]와 종축개량부[성환]를 설치하였다. 국립종축원의 각 지원은 지소로 개칭하고 축산기술연구소장 산하에 두었다. 고령지시험장 축산과는 대관령지소에 승계되었다. 1999년 5월 사천지소를 폐지하고 종축개량부 중소가축과로 통합하였다. 2001년 1월 책임운영기관으로 지정되었으며, 대전지소를 폐지하고 종축개량부 가금과를 신설하였다.
2004년 1월 축산연구소로 개칭하였고, 축산기술부를 축산생명환경부[수원]로, 종축개량부를 축산자원개발부[성환]로 개칭하였으며, 한우연구소와 가축유전자원시험장을 신설하였다. 2007년 6월 축산과학원으로 개칭하였다. 2008년 10월 직제를 개정하여, 국립축산과학원으로 개칭하였으며, 조사료자원과를 초지사료연구센터로 확대 개편하였다. 2009년 9월 난지축산시험장을 신설하였고, 초지사료연구센터를 초지사료과로 개편하였다.
2015년 1월 가축유전자원시험장을 가축유전자원센터로, 한우시험장을 한우연구소로, 난지축산시험장을 난지축산연구소로 개칭하였다. 같은 해 3월 전북특별자치도 완주군 이서면[전북혁신도시]으로 청사를 이전하였으며, 수원의 축산시험장 연구 터전은 역사 속으로 사라졌다. 가축질병방역팀을 신설하였다. 2016년 5월 축산자원개발부 가금과를 분리 독립하여 가금연구소를 설립하였으며, 2018년 3월 가축질병방역과를 신설하였다. 2019년 10월 남원의 가축유전자원센터를 함양으로 이전하였으며, 동물복지팀을 신설하였다. 2021년 7월 동물영양생리팀을 동물영양생리과로 확대 개편하였다.
1990년대 축산물의 소비 증가와 함께 젖소 고기를 한우 고기로 둔갑시켜 판매하는 사례가 많아 소비자의 불신이 컸다. 이에 1997년, 1998년, 2003년 쇠고기 유전자 감식법을 개발하여 수입 쇠고기를 한우 고기로 둔갑시켜 소비자를 혼란스럽게 하는 불공정행위를 100% 적발해낼 수 있게 하였다. 이 기술은 ‘광복 70년 소비자가 뽑은 생활 속 농업기술 10선’ 중에서도 1위에 오르며 한우산업과 소비자 모두를 보호한 성과로 평가받고 있다.
1990년대 기술개발 및 도입한 소, 돼지 도체 등급 기준은 우리나라 축산업의 단일 정책으로 가장 큰 영향을 미친 정책으로 평가받고 있다. 또한 선진 유통 기술인 냉장육 유통 체계 확립 등에 크게 이바지하였다. 1993년 가축개량 총괄 기관으로 지정되었고, 농협 유우개량사업소와 협력하여 ‘한국형 젖소 보증 씨수소’를 보급한 이후 4,000~5,000㎏에 불과하던 연간 산유량이 2021년에 세계 3위인 1만 100㎏의 기록을 달성하였다.
동물유전공학 연구는 1994년 축산기술연구소로 개편되면서 처음으로 시작해 체외수정란 대량생산 체계를 확립하였으며, 1995년 소의 체외수정란을 간편하게 이식시킬 수 있는 기술을 세계에서 두 번째로 개발하였다. 생명공학 기술도 활발히 진행하여 1998년 빈혈 치료제 ‘hEPO’를 유즙으로 분비하는 바이오 신약용 형질전환 돼지 ‘새롬이’를 생산하였고, 1999년 우량 한우 체세포 복제 송아지 ‘새빛’을 새천년 하루 전날인 1999년 12월 31일에 탄생시켰다.
2011년 급성 혈관성 면역거부반응을 제어할 수 있는 인간 유전자[CD73]가 도입된 복제 미니 돼지 ‘소망이 1, 2’ 생산에 성공하였으며, 2012년 국내 최초로 이종 간 장기이식 수술에 성공하였다. 2014년 초급성과 급성 거부반응[GalT KO+MCP]을 조절한 ‘믿음이’의 심장을 원숭이에게 이식하는 데 성공하였다. 2016년 ‘믿음이’와 ‘소망이’를 교배해 국내 최초 초급성 · 급성 · 혈관성 거부반응 제어 형질전환 돼지 ‘사랑이[Ga lTKO+MCP+CD73]’를 탄생시켰다. ‘사랑이’는 초급성 · 급성 · 혈관성 3단계 거부반응까지 제어함으로써 국내 바이오 장기 기술이 세계 수준으로 도약하는 발판을 마련하였다.
사료작물인 내한 다수성 이탈리안 라이그라스 품종 육성 보급으로 외국 품종에 비해 내한성이 매우 강해 영하 9℃ 이상인 중북부 및 산간 지역에서도 재배가 가능하고, 재생력 및 도복에 강한 장점을 갖고 있으며, 2008년 ‘화산 101호’의 공급량이 100톤을 넘어서는 등 양축 농가에서 큰 호응을 받고 있다.
2012년 「돼지 유전체해독을 통한 집단통계학과 진화 해석 가능」이라는 연구 결과를 『네이처』 표지 논문으로 발표하였으며, 이후로도 지속적으로 오계 · 제주마 · 진돗개 등 재래 가축 7종의 유전체 지도를 완성하는 등 고유 유전자원의 가치를 높였다.
축산 경쟁력 확보를 위해 2002년에 한우 · 젖소 · 돼지 및 가금편 한국가축사양표준과 사료성분표를 최초로 제정하였다. 이후 환경 변화와 가축개량 진전 상황을 반영하기 위해 5년마다 개정판을 발간하고 있다.
재래 가축을 이용한 품종 개발을 추진하여 멸실 위기에 있던 재래 돼지를 복원하고, 우리나라 국민의 입맛에 적합한 ‘난축맛돈’과 ‘우리흑돈’을 개발하여 보급하고 있으며, 토종닭을 복원하고 이를 활용하여 ‘우리맛닭’을 개발 보급하고 있다. 가축 유전자원 영구 보존을 위해 2018년부터 동결 유전자원의 보전을 시작해, 2020년 5축종 7계통, 총 153마리 2,031점의 동결정액을 확보하여 재래 가축 · 천연기념물 등 국가 중요 가축 유전자원의 안전한 보존과 미래가치를 높이고 있다.
스마트 축산 모델로 빅데이터 기반의 정밀 축산 구현에 주력하여 우리나라 스마트 축산의 발전 방향을 제시하였다. ‘어미 돼지 자동 급이기’, ‘출하 돼지 선별기’, ‘송아지 젖먹이 로봇’, ‘무인 오리 깔짚 살포 장치’, ‘스마트 알약’, ‘TMR 자동 급이 로봇’, ‘젖소 로봇 착유기’ 등을 개발하여 가축사양 관리와 건강, 축산환경 관리까지 통합 관리시스템을 개발하였다.
2015년 한국인 신생아에 존재하는 비피두스균 ‘KACC 91563’과 이 비피두스균에서 분리한 단백질의 알레르기 저감 효과를 동물실험을 통해 확인하고, 신선 치즈 제조에 활용하는 한편, 균주의 단백질을 알레르기 치료제로 활용할 수 있도록 대량생산 기술과 다양한 제품 생산 등에 접목하여 새로운 부가가치를 창출하고 있다.
국립축산과학원은 전신 기관과 역사를 같이하며, 우리나라 축산 기술을 한 단계 발전시키는 데 큰 역할을 하였다. 최근에는 생명공학, 빅데이터를 활용한 스마트 축산 기술, 국민의 관심이 증가하고 있는 반려동물, 동물복지 등 축산물 생산뿐만 아니라, 동물을 활용한 식품산업, 생명산업 등 국민의 생활과 밀접한 기술을 개발하여 보급하고 있다.
최근 유전체 육종 기술을 접목한 가축의 육성으로 가축 육종 기간을 획기적으로 단축하는 등 세계 최고 수준의 기술개발로 우리나라 축산 기술을 선진국 수준으로 높이는 데 크게 기여하고 있다.