설치연대는 확실하지 않으나 989년(성종 8)에 대학조교(大學助敎) 송승연(宋承演)이 사람을 가르침에 게으르지 아니하므로 9등을 뛰어 국자박사를 제수하였다는 기록이 있는 것으로 보아, 국초부터 있었던 것으로 보인다.
그 뒤 992년에 설치된 국자감(國子監)의 국자학(國子學)에 교수관으로 박사를 두었는데, 처음에는 국자사업박사(國子司業博士)라 칭하였다. 문종 때 사업(司業)을 별도로 분리 설치하면서 국자사업박사를 폐지하고 국자박사를 설치하였다. 정원은 2인, 품계는 정7품이었다.
그 뒤 국자감의 명칭이 바뀌게 됨에 따라 국자박사의 칭호도 여러 차례 개칭되었다. 즉, 1275년(충렬왕 1)에 국학(國學)으로 개칭하였다가 1298년 충선왕에 의해 다시 성균감(成均監)으로 개칭되었는데, 이 때 국자박사를 성균박사로 고쳤다.
다시 1308년에 충선왕이 성균감을 성균관으로 개칭하였고, 1356년(공민왕 5)에는 국자감이라 또 고쳤는데 이 때 다시 국자박사라 하였다. 그러나 그 뒤 1362년에 성균관이라고 다시 개칭하면서 국자박사를 성균박사라 하였다. 이 때 정원은 2인이고, 품계는 7품이었다. 국가로부터 전(田) 60결, 시(柴) 21결을 지급받았다. →성균박사