1933년 4월 농촌에 맞는 새로운 영농기술을 보급하고 기능인을 양성하여 지역사회의 발전에 기여하기 위한 목적으로 군내 최초의 실업학교인 금산농업실수학교(錦山農業實修學校)를 설립하였다. 이듬해에 1년제 농민학교로, 1938년에 2년제 농토학교(農土學校)로 개편되었으며, 1945년 3월에 4년제 공립농업학교로 설립 인가되어 그 해 5월에 우리나라 학생 68명, 일본인 3명을 모집하였다.
1947년에 학제변경으로 6년제 12학급의 농업중학교로, 1950년에 4년제 농업중학교로 변경되었다가 1951년 금산농업고등학교로 개편되어 각 3학급씩의 농업과와 축산과를 두고 금산동중학교를 병설하였다. 1973년 농산제조과, 1975년 원예과, 1977년 농업토목과가 증설되었다가 1977년 농산제조과가 폐지되어 농업과·축산과·원예과·농업토목과 각 2학급씩 24학급으로 변경·인가되었다.
1982년 농업토목과를 제외한 각 과에 남녀공학이 인가되었으며, 1993년 8월에 금산산업고등학교로 교명을 변경하였다. 2006년 교육과정 및 학과가 한약자원과 ․ 컴퓨터네트워크 ․ 인터넷비지니스 ․ 특수학급으로 개편되었다.
2010년 현재 각 학년별로 한약자원과․컴퓨터네트워크과․인터넷비지니스과가 1학급씩 9학급이 개설되어 있으며, 남 164명․여 131명 총 295명이 재학 중이다. 교원 30명과 일반 행정직 7명 등 총 37명이 재직 중이다. ‘큰 꿈을 돋을새김하는 신성장동력 인재 육성’을 교육지표로 삼아 ‘올곧은 인성을 갖춘 실력 있는 학생, 성실한 자주학으로 꿈을 이루어가는 학생, 국제화에 대처하는 능동적이고 창의적인 학생’을 교육목표로 하고 있다. 특색사업으로는 ‘E-Learning, Wee-Class, 품성마당’등을 홈페이지에서 운영 중이며, 동아리 활동으로 ‘C-Click 컴퓨터 동아리, 효실천 봉사단’을 운영하여 선후배 간 유대감 다양화와 지역사회의 연계에 있어 효과를 거두고 있다.