약방(藥房)이라고도 하였다. 1392년(태조 1) 7월에 반포된 관제 중에는 그 이름이 없고 어느 때부터 시작되었는지는 확인하기 어렵다.
그러나 고려 말 궁내어약(宮內御藥)을 취급하던 봉의서(奉醫署)의 제도에 따라서 건국과 함께 왕실내의 의약을 전담하기 위하여 설치된 것으로 보이는데, 독립된 것은 아니고 전의감(典醫監)에 속해 있었던 것으로 추측된다.
그것은 1408년(태종 8) 12월 내약방의원 평원해(平原海: 일본의 僧醫)와 조청(趙聽)이 제약(劑藥)을 잘못하여 전의감에서 쫓겨난 것, 1412년 8월 춘추관에 소장된 의방서(醫方書)를 내약방에 수장하게 한 것, 1413년 6월 순금사(巡禁司)에 하옥된 약방의원 이헌(李軒)이 전의판관(典醫判官)을 겸하였던 것 등으로 보아, 내약방이 전의감에 속하였던 것으로 볼 수 있으나 그 관제내용은 자세히 알려져 있지 않다.
1443년(세종 25) 6월 이조의 건의에 따라 내의원(內醫院)이라 개칭하였다.