한국문화를 중심으로 한 동양문화에 관한 제문제를 연구하여, 대학교육의 질적 향상과 인류문화 발전에 기여하고자 1970년 9월에 설립하였다. 초대소장은 이승욱(李承旭)이다.
한문교육과·국어국문학과·일어일문학과·사학과·경제학과 등의 교수 8명으로 평의원을 구성하였다. 사업으로 연구논문집 및 연구자료의 간행, 연구발표회 및 학술토론회의 개최, 해외학회와의 교류, 연구자료의 수집·정리 등의 활동을 전개하기로 결정하고, 이를 위하여 연구원, 연구원보 및 편찬원 약간 명을 두었다.
설립 이후 학술지 ≪동양학≫을 매년 간행하여 1998년 현재 제28집까지 발간하였으며, 단행본으로 ≪훈몽자회 訓蒙字會≫·≪유합 類合≫·≪천자문 千字文≫·≪박은식전서 朴殷植全書≫·≪여씨향약언해 呂氏鄕約諺解≫를 출간하였다.
한편, 매년 가을 동양학학술회의를 개최한 바 있는데, 1997년 ‘한국근대문화의 특성’이라는 공동주제 아래 제27회 동양학국제학술회의를 가졌다. 그리고 한국·중국·일본 3국의 문화교섭사자료집 간행의 첫 사업으로 우선 ≪이십오사 二十五史≫를 간행하였으며, 1995년에는 ≪한국한자어사전≫을 발행하였다.
2011년 9월 동양학연구소에서 동양학연구원으로 명칭을 변경하였다.