1897년 독지가 손정현(孫貞鉉)이 국권을 회복하고 자주독립을 이룩하는 길은 교육을 통한 인재양성임을 통감하여 사립개창학교(私立開昌學校)로 설립하였다.
교사는 밀양시 내일동에 있었으며, 어려운 여건 속에서 초기 초등교육을 실시하였다. 그 뒤 1901년 7월 공립으로 인가되어 공립개창학교로 개칭함과 동시에 주민 박만이(朴萬伊)가 기부한 전답 327두락을 포함, 향청에 속한 재산전부를 학교의 기본재산으로 하였다.
1907년 5월 공립밀양보통학교로 인가되었으며, 이듬해 4월 을종보통학교에서 갑종으로 변경되면서 학급을 2학급으로 편성하였다. 1911년 11월 교명을 밀양공립보통학교로 개칭하고, 1912년 9월 밀양공립간이농업학교를 부설하였으며, 정확한 연도는 알 수 없으나 이 사이에 학교위치를 현재의 장소로 이전하였다.
1920년 남학생의 수업연한을 6년으로 연장하고 간이농업학교를 폐지하였다. 1920년 2층 목조교사를 준공하여 8학급을 편성하고, 1924년 5월 속수학교를 부설하였으며, 1926년 4월 18학급을 편성하고 속수학교를 폐지하였다.
1927년 4월부터 여학생의 수업연한을 6년으로 연장하였고, 1936년 강당을 준공하였으며, 1938년 4월 밀양제일공립심상소학교로 개칭되었다. 1946년 5월 교명을 밀양공립국민학교로 개칭하고, 급증하는 취학아동을 위하여 1961년 18개 교실을 증축하였으며, 그 뒤 밀양국민학교로 개칭하였다.
1972년 본관목조 2층건물을 철거하고 24개 교실로 된 콘크리트건물을 신축하였다.
2008년 전국 소년체전 배트민턴에서 우승하였으며, 2010년 제100회 졸업식(2만 7,314명)을 거행하였고 경상남도교육청 지정 독서, 논술 시범학교를 운영하고 있다.