제헌국회는 정부 수립을 앞두고 애국선열의 넋을 위로하고 민족정기를 바로 잡기 위해 친일파를 처벌할 특별법을 제정할 수 있다는 조항을 헌법에 두었다. 이에 따라 제헌국회는 친일파를 처벌할 특별법 제정에 착수하여 반민족행위처벌법을 제정하였다. 이 법은 1948년 9월 22일에 공포되었으며, 반민족행위특별조사위원회는 같은 해 10월 22일에 설치되었다.
반민특위의 활동을 주도할 조사위원은 각 도에서 1명씩 호선된 10명의 국회의원으로 구성되었다. 이런 방식으로 김상돈(金相敦, 서울), 조중현(趙重顯, 경기), 박우경(朴愚京, 충북), 김명동(金明東, 충남), 오기열(吳基烈, 전북), 김준연(金俊淵, 전남), 김상덕(金尙德, 경북), 김효석(金孝錫, 경남), 이종순(李鍾淳, 강원), 김경배(金庚培, 황해․제주)가 조사위원으로 선출되었으며, 김상덕과 김상돈이 위원장과 부위원장으로 선출되었다.
같은 해 11월에 국회는 반민특위의 효율적인 활동을 위해 〈반민족행위특별조사기관설치법〉을 제정하여 중앙과 지방에 중앙사무국 및 지방사무분국을 설치하도록 하였다. 반민특위 각 도의 조사부 책임자는 이기룡(李起龍, 경기), 경혜춘(慶惠春, 충북), 윤세중(尹世重, 충남), 손주탁(孫周卓, 전북), 최종섭(崔鍾涉, 전남), 정운일(鄭雲馹, 경북), 강홍렬(姜弘烈, 경남), 김우종(金宇鍾, 강원), 송창섭(宋昌燮, 황해․제주)이 임명되었다.
한편, 반민족행위자의 기소와 재판을 담당할 특별검찰부와 특별재판부도 구성되었다. 특별검찰부의 관장은 대검찰청장 권승렬(權承烈)이 맡았으며, 차장은 국회의원이던 노일환(盧鎰煥)이 맡았다. 검찰관은 국회와 법조계, 사회 분야에서 추천된 서성달(徐成達) · 이의식(李義植) · 심상준(沈相駿) · 김웅진(金雄鎭) · 서용길(徐容吉) · 신현상(申鉉相) 등 9인으로 구성되었다.
특별재판부의 부장은 대법원장 김병로(金炳魯)가 맡았으며, 각 부의 부장재판관은 노진설(盧鎭卨), 서순영(徐淳永), 신현기(申鉉琦)가 맡았다. 재판관은 신태익(申泰益), 이종면(李鍾冕), 오택관(吳澤寬), 홍순옥(洪淳玉), 김호정(金鎬禎), 고평(高平), 김병우(金秉愚), 김장렬(金長烈), 이춘호(李春昊), 정홍거(鄭弘巨), 최영환(崔永煥), 최국현(崔國鉉) 등이 임명되었다. 반민특위 조사위원과 각 도 조사부 책임자, 특별검찰관, 특별재판관 가운데 일부는 활동 도중에 사퇴하거나 신병 등의 이유로 교체되었다.
반민특위는 1949년 1월 중앙청의 사무실에서 중앙사무국의 조사관과 서기의 취임식을 마치고 본격적인 활동을 시작하였다. 먼저 친일파를 선정하기 위한 예비 조사에 들어가 7,000여 명의 친일파 일람표를 작성하고, 친일파의 체포 준비에 들어갔다.
반민특위는 먼저 전국적으로 널리 알려진 친일파 가운데 도피를 꾀하는 자의 체포에 주력하였다. 1949년 1월 8일에 미국으로 도피를 시도하던 박흥식(朴興植)을 체포하였으며, 반민특위 반대운동을 적극적으로 펼치던 이종형(李鍾滎)을 체포하였다. 이어 방의석(方義錫) · 김태석(金泰錫) · 이광수(李光洙) · 최린(崔麟) · 최남선(崔南善) · 김연수(金秊洙) 등 전국적으로 널리 알려진 친일파를 잇달아 체포하였다. 반민특위가 활발한 활동을 펼치자 자수하는 친일파가 속출하고, 많은 사람들이 친일파의 행적을 증언하거나 제보하는 등 반민특위의 활동은 국민의 높은 관심과 지지 속에서 전개되었다.
그러나 친일파 처벌에 부정적인 입장을 가지고 있던 이승만 대통령은 반민특위의 활동을 비난하는 담화를 여러 차례 발표하였다. 나아가 반민특위를 무력화시키기 위해 반민족행위처벌법 개정안을 국회에 제출하는 등 반민특위의 활동을 불법시하고 친일파를 적극 옹호하였다. 반면에 대법원장 김병로는 반민특위의 활동은 불법이 아니라는 성명을 발표하고 정부의 협조를 촉구하였다.
이승만 대통령의 입장에 고무된 친일 세력은 반민특위의 활동을 좌절시키기 위해 활동에 나섰다. 반민특위가 설치된 직후 친일 경찰과 친일파는 공모하여 반민특위 관계자를 암살하려는 계획을 세웠으나 수포로 돌아갔다. 이들은 다시 정부 고위 관리의 지원을 받으며 국회를 비난하는 시위를 벌이는 한편 반민특위 사무실 앞에서 연일 시위를 벌였다. 이 과정에서 이들의 활동을 배후 조종한 혐의로 서울시경찰국 사찰과장 최운하(崔雲霞)가 반민특위에 체포되었다.
이를 계기로 내무부 차관 장경근(張璟根)의 주도 하에 6월 6일 경찰은 반민특위 사무실을 습격하고 특경대 대원을 체포하고 무장해제를 시켰다. 강원도 조사부 사무실도 경찰이 습격하여 조사관의 무기를 압수하고 경비를 위해 배치되었던 경찰도 철수시켰다. 이후 충남과 충북에서도 특경대 대원과 경비를 위해 배치되었던 경찰을 철수시키는 등 반민특위는 와해되기 시작하였다. 특경대의 강제 해산으로 반민특위 중앙의 친일파 체포는 거의 이루어지지 않았다.
반민특위 위원장 김상덕을 비롯한 조사위원들은 경찰의 처사에 항의하며 사표를 제출하여 반민특위의 활동은 사실상 마비되었다. 더욱이 특별검찰부 차장 노일환을 포함한 친일파 처벌에 적극적이었던 소장파 의원들이 국회프락치사건으로 체포되어 반민특위의 활동은 더욱 약화되었다.
이러한 분위기 속에서 7월에 일부 국회의원은 반민특위의 활동이 사회의 불안과 불안감을 조성한다는 이유로 공소시효를 1949년 8월 말까지로 단축하는 내용의 반민족행위처벌법 개정안을 국회에 제출하였다. 이 개정안은 가결되었으며, 반민특위 조사위원은 이 기간 동안 친일파의 처벌이 어렵다고 비판하면서 모두 사퇴하였다.
반민특위 조사위원의 전원 사퇴로 국회는 조사위원을 새로 선출하였다. 새로 구성된 반민특위 조사위원은 이전의 조사위원 조규갑 · 조중현 · 이종순 · 김경배가 다시 선출되었으며, 이인(李仁, 서울), 유진홍(兪鎭洪, 충남), 송필만(宋必滿, 충북), 조헌영(趙憲泳, 경북), 조국현(曺國鉉, 전남), 진직현(晋直鉉, 전북)이 새로 선출되었다. 위원장에는 이인, 부위원장에는 송필만이 선출되었다.
새로 구성된 반민특위는 이미 체포된 친일파의 조사와 친일파의 자수를 유도하는 방향으로 활동하였으며, 공소시효가 만료된 8월까지 반민특위 중앙이 체포한 친일파는 거의 없었다. 반민특위는 이때까지 모두 680여 명의 친일 혐의자를 취급했다고 발표하였다. 그러나 각 도 조사부가 공소시효에 쫓겨 친일 혐의자의 조사를 중단하고 조사가 마무리된 친일파만을 반민특위 중앙에 보고했기 때문에 1,000여 명의 친일파를 취급했을 것으로 추정된다.
반민특위는 공소시효가 종료된 후 도피한 친일파와 조사 불능 지역에 거주하는 친일파의 조사는 계속 진행하기로 결의하였다. 그러나 반민특위 위원장이 사퇴하고, 반민특위와 특별재판부 폐지안과 반민족행위처벌법 개정안이 국회에서 가결되어 1949년 10월에 반민특위, 특별검찰부, 특별재판부는 해체되었다. 이후 개정된 반민족행위처벌법에 따라 기소된 친일파의 재판은 임시재판부가 담당하였으며, 이들의 재판은 한국전쟁이 일어나기 전까지 진행되었다. 반민족행위처벌법은 1951년 2월에 폐지되어 친일파를 처벌할 수 있는 법적 장치는 완전히 사라졌다.
해방 후 한국의 과제는 일차적으로 자주적인 통일정부의 수립이었으며, 이를 위해서는 무엇보다 일제강점기에 반민족행위를 저지른 친일파의 청산이 중요하였다. 그러나 미국과 미군정의 친일파 보호정책으로 부활하여 사회 각 분야의 요직을 장악하고 있었다. 이런 상황에서 반민특위는 정부 수립을 앞두고 해방에 기여한 애국선열의 넋을 위로하고 무너진 민족정기와 사회 정의를 바로 세우기 위해 설치되었다.
반민특위는 설치 목적에 따라 친일파의 반민족행위를 조사하고 처벌하기 위해 노력하였다. 그러나 친일 세력과 이승만 대통령의 비협조와 방해로 반민특위의 활동은 성과를 거두지 못하였다. 오히려 친일 세력에게 면죄부를 부여하는 결과를 초래하였고, 나아가 이들이 한국의 지배세력으로 군림하였다. 이 때문에 사회 정의가 무너져 사람들의 가치관이 혼란에 빠졌으며, 사회에 이기주의와 부정부패 등이 횡행하는 토대를 제공하였다.