특수한 이유로 부모 또는 보호자에게 직접 보육을 받을 수 없는 어린이 또는 청소년을 수용, 보호, 양육하는 시설. 우리나라 「아동복지법」에 의하면 0세부터 5세 미만의 고아를 수용하는 시설은 영아원이고, 5세부터 18세까지의 고아를 수용하는 시설은 육아원이다.
어느 사회에서나 아동을 가정에서 정상적으로 양육할 수 없는 경우가 발생하고, 어떤 형태로든지 그들에 대한 사회적·국가적 보호가 있어 왔다. 서구 역사상 보육원은 로마에서 기독교가 박해받을 무렵부터 시작되었다고 한다. 우리나라에서는 삼국시대의 국친사상(國親思想)에서 그 기원을 찾는다. 즉, 나랏님이 친히 고아의 어버이가 되어 그들을 보호하도록 했다.
한편, 고려 때에는 단위지역 책임제로 고아를 보호하도록 했다. 조선시대에 와서는 수양제도(收養制度)를 통하여 고아를 보호했으나, 피수양자를 키워서 노비로 삼는 폐단을 막기 위하여 진휼청(賑恤廳)의 부속시설로서 중앙에는 아동의 일시보호소격인 유접소(留接所)를, 지방에는 진장(賑場)을 두어 고아를 수용, 보호하였다.
현대적 의미의 보육원은 프랑스선교사가 1885년(고종 22) 지금의 서울 명동성당 뒤뜰에 설립한 천주교보육원에서 비롯되었다. 그 뒤 6·25전쟁으로 급증하는 전쟁고아를 구호하기 위해 생겨난 많은 시설들이 오늘의 보육원으로 이어졌다.
이때 대부분의 보육원들이 우리나라의 특수한 여건으로 인해 거의 외국원조로 운영되었으나, 국력이 신장됨에 따라 1960년대를 기점으로 외국원조는 차차 없어지고 현재는 국내재원으로 운영되고 있다.
1998년 말 현재 우리나라에는 272개의 보육원이 있으며 정원은 26,241명이나 현재 17,820명의 고아를 수용, 보호하고 있다. 지역적인 분포를 보면 서울·부산 등의 대도시와 경기도 등의 군사도시를 중심으로 집중되어 있다.
보육원을 설치·운영하려면 특별시·광역시·도지사의 인가를 받아야 한다. 설치자는 지방공공단체 또는 사회복지법인이 원칙이고, 시설설비와 직원조직은 국가가 정한 기준 이상의 것으로 되어 있어야 한다.