1927년에 2년제 부여공립농업실수학교로 설립되었다. 광복 후 고등공민학교로 개편되었다가 1946년 9월 3년제 부여공립초급중학교로 설립인가를 받았다.
1946년 9월 6년제 중학교로 변경되어 농업과·보통과·가정과의 3과로 편성되었으며, 1951년 9월 학제개편에 따라 중학교와 고등학교로 분리되었다. 1980년 30학급으로 인가받았다.
2007년 영재교육기관으로 수학·과학 1학급으로 인가받았으며, 2008년 9월 교육과학기술부지정 기숙형공립고로 선정되었다. 2009년 8월 과학·수학 특성화 교과교실 운영학교로 선정되어 운영 중이다.
2010년 현재 학년별 9학급씩 총 27학급이 개설되어 776명이 재학 중이며, 교원 57명과 일반 행정직 8명 총 65명의 교직원이 재직 중이다.
교육목표는 ‘올바른 가치관 함양으로 미래사회를 이끌어 갈 창의적인 인재육성’으로 ‘긍정적 사고와 활기찬 생활로 노력하는 학생’을 학생상으로 삼고 있다. 동아리 활동으로는 ‘해양소년단’이 있으며, 사이버 독서대회를 매년 개최하는 등 다양한 사업을 운영 중이다.