본관은 달성(達城). 자는 유청(幼淸), 여림(汝琳), 호는 명고(明皐). 우참찬 서문유(徐文𥙿)의 증손으로, 할아버지는 호조판서 서종옥(徐宗玉)이고, 아버지는 대제학 서명응(徐命膺)이며, 어머니는 영의정 조현명(趙顯命)의 딸이다. 숙부인 서명성(徐命誠)에게 입양되었다.
음보로 선공감가감역(繕工監假監役)이 되었고, 1783년(정조 7) 증광 문과에 을과로 급제하였다. 광주목사와 영변부사를 지내고 1799년 진하 겸 사은부사가 되어 정사 조상진(趙尙鎭)과 더불어 청나라에 다녀왔다.
1804년(순조 4) 이조참판을 거쳐 이듬해 경기관찰사가 되었다. 1806년 벽파(僻派)계열인 우의정 김달순(金達淳) 등이 안동김씨 계열인 김조순(金祖淳) 등에 밀려 사사될 때, 이에 연루되어 전라도 흥양현(興陽縣) 등지에서 18년 동안 유배생활을 하였다. 1823년 전라도 임피현(臨陂縣)으로 양이(量移)되어 이듬해 그곳에서 죽었다.
저서로는 『명고전집(明皐全集)』, 『홍범직지(洪範直指)』, 『시고변(詩故辨)』 등이 전한다.