1997년 현재 6개의 본부세관과 30개 세관, 11개 출장소, 7개 감시서가 있다. 세관의 국별 주요업무는 세관별로 세부조직의 차이가 있지만 일반적인 기능으로서 수출입물품에 관한 허가 및 승인·검사·감정, 수출에 수반되는 관세환급·담보해제, 수출입화물에 대한 관세 부과·징수·감면·환급 및 징수유예와 관세율표의 품목분류를 맡고 있는 세무국.
관세관계법령에 의한 수출입화물·운수기관 및 보세구역의 감시·단속, 선박 및 항공기의 입출항절차에 따른 각종 신고사항과 여객명부조사, 여객 및 승무원의 휴대품수출입절차를 맡고 있는 감시국, 관세범의 조사처분, 밀수단속 및 그 정보활동, 압수물품의 보관·처분을 담당하고 있는 심리국.
인사·보안 및 문서관리, 예산 및 결산, 통관업의 신고접수 및 업무감독, 외화가격 및 국내거래가격의 조사결정을 맡고 있는 관리국, 진정 및 비위사항조사처리 등을 총괄하는 감사과 등이 있다.