1940년 주영하(朱永夏)·최옥자(崔玉子) 부부가 교육으로부터 소외 받던 여성들에게 참된 교육의 기회를 제공하고자 경성인문학원을 모태로 해서 서울여자학원으로 설립하였다. 서울 중구 충무로에 있는 승동교회(勝洞敎會) 교육관을 임시교사로 사용하고, 가정과와 국어국문학과를 설치하였다.
1948년 9월 중등교원 양성을 위한 2년제 서울여자가정보육사범학교로 개편하여 보육과를 설치하였으며, 1년제 전수과를 부설하였다. 초대 교장에 주영하가 취임하였고 1949년 3월 전수과 제1회 졸업생 69명, 1950년 3월 본과 제1회 졸업생 140명을 배출하였다.
1954년 4월수도여자사범대학(首都女子師範大學)으로 개편하였고, 이듬해에 충무로에 4층짜리 신 교사를 준공하고 야간부를 개설하였다. 1959년 부속중·고등학교, 1961년 부속유치원을 설립하였다. 1961년 4월 4년제로 개편하고, 1962년 12월서울시 광진구 군자동 지금의 위치로 교사를 신축하여 이전하였다.
1963년에 부속국민학교를 설립하고, 1966년 2월 대학원 석사과정을 설치하였으며, 1972년에 재단 명칭을 학교법인 대양학원(大洋學園)으로 변경하였다. 1978년 2월 대학원 박사과정을 설치하고, 같은 해 10월 남녀공학으로 개편하여 교명을 세종대학으로 변경함과 동시에 야간대학을 설치하였다.
1979년 12월 경영대학원을 설치하였으며, 1988년에 종합대학인 세종대학교로 개편하고, 1992년 사회교육원, 1995년 행정대학원을 신설하였다. 1997년 항공기제작사인 록히드 마틴사와 기술협력사업 양해각서를 체결하고, 1999년에 도서관이 세계무역기구(WTO) 전문도서관으로 지정되었으며, 소프트웨어대학원·과학기술대학원·공연예술대학원을 신설하였다.
2000년 영상대학원, 2003년 수리물리학부·화학생물학부·토목환경지구정보공학부·생명과학대학·경재통상학부·사회과학부·경영학부·호텔관광경영학부를 신설하였다. 2003년 지구천문학부·응용화학부·분자생물학부, 2007년 국제어학원을 신설하였다. 2008년 새로운 UI 선포식을 가졌고, 2009년 공간정보 분야 특성화 대학원에 선정되었다.
‘덕성·창의·봉사·실천’이고, ‘기독교 정신, 애지정신, 훈민정신’의 창학이념을 바탕으로 해서 학술연구, 인재 양성, 사회봉사를 교육목적으로 하고 있다. 교육방침으로 전공별 인증제 도입, 학제간 융합 프로그램 운영, 특성화를 통한 연구역량 강화, 사이버 캠퍼스 구축 등을 발전전략으로 해서 시행, 도모하고 있다.
특히 첨단과학기술 개발을 위하여 하나로통신·SK텔레콤·IBM 등 국내외 30여 개 기업체와 산학협력을 체결하고 공동연구를 수행하고 있으며 이공계 대학을 집중 육성하고 있다.
1978년부터 매년 재미학생 여름학교를 개설하여 재외국민의 모국 연계교육을 시행한 바 있고, 현재 미국 하와이대학교(University Of Hawaii System)·아주사퍼시픽대학(Azusa Pacific College), 중국 칭다오공과대학, 일본 교토조형예술대학 등 15개 60개 대학과 교류협정을 맺고 교환학생제, 학술교류, 해외문화 탐방, 교환교수제 등을 시행하고 있다.
45개의 동아리가 활동하고 있으며, 체육·무용 분야 동아리는 1964년 제18회 동경올림픽대회 행사에 참가한 바 있다. 매년 5월에 대동제, 10월에 ‘힘과 미의 문화제전’을 열고 있다. 1957년에 창간된 대학신문 『세종대학보』를 8면 주간으로 발간하고 있고, 자매지인 영자신문 계간 『The Sejong Times』를 36면 내외로 발행하고 있다.
2009년 현재 9개 대학원, 9개 단과대학(13개 학부, 20개 학과)에 재학생은 1만 2000여 명, 전임교원은 370여 명이고, 총 3만여 명의 졸업생을 배출하였다. 부속기관으로 학술정보원·박물관·학술정보원·국제어학원·평생교육원 등이 있고, 부설연구기관에 생명과학연구소·인문사회연구소·국가전략연구소·정보통신연구소·언어번역연구소 등 40여 개 연구소가 있다.
학술정보원은 지하 2층, 지상 10층, 연면적 1만 7300㎡ 규모에 3,200여 석의 열람석을 갖추고서 83만여 권에 이르는 장서를 소장하고 있고, 2만여 종의 각종 저널과 65종의 온라인 DB를 서비스하고 있다.
박물관은 1973년 준공된 5층 건물로 민속·도자기·궁중의상·서화류 등 총 5천여 점을 소장하고 있고, 1998년부터 주로 민속관련 소장품 중에서 엄선하여 전시하고 있는데, 2층은 대학의 역사실과 전통가옥을 재현한 민속실이고, 3층에는 궁중의상을 비롯한 관복·군복과 여염의 의상류, 4층은 선조들이 애용하던 반상류와 소품, 5층은 대형 목공예품(장·농)등을 전시하고 있다.