동해와 서해의 출어선이 불법으로 북한해역을 왕래하는 사례가 빈발하자 국방부의 요청에 따라 1964년 6월 29일 농림부가 농림부령으로 어로저지선(漁撈沮止線)을 북위 38°35′45″에 처음 설정했다.
그 뒤 1967년 1월 19일 동해에서 해군56함이 북한해군에 피격, 침몰됨에 따라 1967년 12월 5일 수산청훈령으로 어로저지선을 2마일 남하, 북위 38°34′45″로 조정했으며, 해양경찰대 건의에 따라 1969년 3월 10일 내무·국방·법무·농림 4부합동부령으로 동해에서는 5마일, 서해에서는 5∼7마일을 다시 남하, 북위 38°33′으로 조정하고 명칭도 어로한계선으로 바꾸었다.
1989년 4월 13일 내무·국방·농림수산·교통 4부합동부령인 「선박안전조업규칙중개정령」의 공포에 따라 또다시 조정되었다.
그 뒤 1992년 9월 어로한계선에 관한 부분 개정으로 동해의 어로한계선은 다음의 각 점을 차례로 연결하는 선이 되었다. ① 북위 38°33′과 강원 고성군 현내면 저진리 해안선과의 교차점, ② 북위 38°33′과 어업자원보호선과의 교차점, ③ 북위 38°30′, 동경 132°37′.
또 황해의 어로한계선은 다음의 각 점을 차례로 연결하는 선이다. ① 강화도 창후리항 선착장 최끝단, ② 강화군 교동도 읍내리 남산포항 선착장 최끝단, ③ 미법도 최동단, ④ 서검도 최동단, ⑤ 볼음도 최남단, ⑥ 주문도 최서단, ⑦ 주문도 최남단, ⑧ 북위 37°34′30″, 동경 126°09′39″, ⑨ 북위 37°34′30″, 동경 126°03′, ⑩ 북위 37°31′21″, 동경 126°03′, ⑪ 북위 37°30′, 동경 126°00′, ⑫ 북위 37°30′, 동경 125°50′, ⑬ 북위 37°25′, 동경 125°50′, ⑭ 북위 37°25′, 동경 124°43′40″, ⑮ 북위 37°44′45″, 동경 124°43′40″ ⑯ 북위 37°47′45″, 동경 124°39′45″, ⑰ 북위 37°52′, 동경 124°39′45″, ⑱ 북위 37°55′, 동경 124°37′06″, ⑲ 북위 37°55′, 동경 124°00′.
1994년 1월부터는 어로한계선을 어로허용선으로 이름을 바꾸고, 동해의 어로수역을 38°33′에서 38°34′으로 확대했다.
이어 1999년 6월 4일에는 남북간 긴장완화와 어장 감소로 어선의 월선 및 피랍 우려가 높아짐에 따라 해양경찰 등 관계기관이 긴급대책을 마련, 어로보호협의회를 열어 오징어 성어기에 대비한 어선의 조업 안전대책을 협의했다.
이 협의회에서 동해어로보호본부 등은 특히 금강산 관광 등 햇볕정책의 성과가 현실화되면서 안보의식이 낮아지고 있는 데다 신(新)한일어업협정으로 오징어 어장이 축소되어 고의적인 월선 조업의 가능성이 높아졌다며 이에 대한 대책을 중점 논의했다.
이를 위해 각 기관은 출입항 통제 및 어선의 안전항로 준수교육을 강화하고 어로한계선 근해에 대한 경비를 대폭 강화하는 접적해역 경비 공조체제를 구축, 시행하기로 했다.
한편, 동해·서해의 어로보호경비업무는 1953년 7월 27일 이후부터 해군에서 주관해오다가 동해는 1966년, 서해는 1967년에 각각 수산청으로 이관되었고, 1996년 해양수산부의 신설에 따라 이 기관으로 이관되었다.