울산 귀신고래 회유해면은 1962년 12월 7일에 천연기념물로 지정되었다. 최초 지정할 때는 울산극경회유해면(蔚山克鯨回遊海面)이라고 한자로 표기하였으나, 이후 한글화를 통해 울산 귀신고래 회유해면으로 수정하였다. 오호츠크해와 한반도 연안을 회유하는 한국계 귀신고래의 개체수가 점차 줄어들어, 귀신고래를 보호하기 위해 강원도 지금의 [강원특별자치도]와 경상북도, 경상남도의 동해 연안을 천연기념물로 지정하였다. 귀신고래를 보호하고자 하였다면 귀신고래 자체를 천연기념물로 지정하였어야 했다는 주장도 있었다. 다행히 2007년 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」에 의해 귀신고래를 해양보호생물로 지정하여 보호하고 있다.
천연기념물 명칭에 울산을 대표 지역으로 표기한 이유는 귀신고래가 울산 인근에서 자주 목격되고 포획되었으며, 장생포라는 포경 기지가 위치하고 있어 상징성을 부여한 것으로 보인다. 행정구역 변경으로 해당 해역은 강원특별자치도와 경상북도, 울산광역시로 변경되었다.
우리나라 동해는 경해(鯨海)라고 불릴 만큼 고래가 많이 서식하는 바다였다. 18세기부터 미국과 러시아, 영국, 프랑스, 일본 등 열강의 포경선이 와서 고래들을 남획하기 시작하였다. 러일전쟁 이후부터 일제강점기까지 우리나라 포경업은 일본이 독점하였다. 공식 기록에는 1932년 울산, 포항 인근에서 7마리의 귀신고래가 포획되었으며, 이후 포획이 없다가 1948년에 다시 6마리가 포획된 것으로 전해진다. 1948년은 국제포경위원회[IWC: International Whaling Commission]가 귀신고래 포획을 전면 금지한 해였지만, 우리나라는 국제포경위원회의 회원국이 아니었기 때문에 국내에서 귀신고래를 포획하는 것에 대한 제약이 없었다.
1948년 국제포경위원회의 귀신고래 포획 금지 결정과 1962년 ‘울산극경회유해면’ 천연기념물 지정 등으로 인해 귀신고래의 포획이 없을 것으로 생각되었지만, 1958년부터 1966년까지 연평균 4마리~5마리, 총 39마리의 귀신고래를 포획한 포경어업노동조합의 자료가 뒤늦게 발견되었다. 국내외의 보호조치와 무관하게 꾸준히 귀신고래를 포획하였다는 것을 알 수 있다. 현재 여름 서식지인 사할린 연안에 300마리 정도의 귀신고래가 분포하는 것으로 알려져 있다. 우리나라에서는 1977년 12월 울산 방어진 앞바다에서 2마리가 관찰된 이후 더 이상 귀신고래가 발견되지 않고 있다.