제생의세(濟生醫世)의 원불교정신을 바탕으로 설립되었다. 1972년에 한의과대학 인가에 따라 익산시 신용동 소재 동화병원(비영리 자선 의료기관으로 1957년도 설립)을 재정비하여 한의과대학 부속병원으로 개원, 운영중 1978년에는 치과대학이 인가됨에 따라 익산시 중앙동에 1,300여 평의 건물을 완공, 치과의원과 익산한방병원을 이전 개원하여 최초의 의료원 기틀을 마련하였다.
또한 1976년 광주직할시 월산동에 한의과대학 부속 광주한방병원을 개원하였고, 1997년에 광주광역시 주월동에 3,470평 규모의 병원 건물을 신축하여 월산동 소재 광주한방병원을 주월동으로 이전하여 광주한방병원 · 원광병원(한 · 양방)으로 개원하였다.
1980년에는 의과대학이 인가됨에 따라 익산시 동산동 소재 씨그레이브 기념 이리종합병원을 인수, 의과대학 부속병원으로 개원하였다.
1984년에 익산시 신동(본교 캠퍼스 내)에 건평 23,137평의 의료원 건물을 준공, 익산지역 소재 의과대학병원 · 치과대학병원 · 한의과대학 익산한방병원을 이전하여 현재의 의료원체제로 발전하게 되었다.
그 뒤 1989년에 전주시 덕진동에 1,856평 규모의 병원을 신축하여 한의과대학 부속 전주한방병원 · 원광병원(한 · 양방)을 개원하였다.
1997년도에는 경기도 군포시 산본동에 2,843평 규모의 건물을 매입, 원광대학교 군포병원 · 한방병원(양 · 한방)을 개원하였다. 1998년 11월에는 지방공사 전라북도 군산의료원을 위 · 수탁 계약함에 따라 의료원 산하 7개 병원을 운영하는 명실공히 전국 규모의 의료기관으로 성장하였다.
1997년에 입원환자 연인원 55만 명(일평균 1,500여 명), 외래환자 85만 명(일평균 2,900여 명)을 진료하였으며, 진료의 전문화 및 특성화를 위하여 순환기센터 · 소화기센터 · 이식센터 · 유방클리닉 · 전립선클리닉 · 어지러움병클리닉과 한방병원 치과병원에도 각종 특수진료실을 갖추고 진료의 활성화에 노력하고 있다.
의료원 체제로 운영될 당시 산하 6개 병원과 위 · 수탁운영 병원 1개 병원으로 1,850여 병상 수와 85개 진료과, 1,900여 명의 교직원이 근무하였던 호남 최대의 양 · 한방 협진 의료기관이었다. 현재는 의료원 체제로 운영하고 있지 않으며 원광대학교의과대학병원, 원광대학교치과대학병원, 원광대학교한의과대학한방병원, 원광대학교한의과대학부속 전주한방병원, 원광대학교의과대학 산본병원 등 개별 병원 체제로 운영하고 있다.
의과대학병원에서는 호남지방 최초로 신장이식수술 · 관상동맥재건술 · 경피적관상동맥술에 성공하였고, 1997년에는 지방대학 최초로 간 이식수술에 성공하였다.
한방병원에서는 1998년에 세계 최초로 치매치료 전문의학품인 치매단을 연구 · 개발하였으며, 치과병원 또한 인공치아 이식수술 및 고도의 악안면 성형수술을 성공적으로 시행하고 있다.
기타 진료 부문도 전국 3차 진료기관 중 난이도가 높은 질환(A군) 점유율이 상위권에 속하는 등 진료의 질적인 면에서 전국 상위그룹의 의료기관으로 인정받게 되었다.
의료서비스 부분에서 서비스 제공형태를 병원 중심에서 환자 중심으로 변화시키고 쾌적한 진료환경을 조성함과 동시에 의료의 질적 향상을 도모하고자 전 교직원이 노력한 결과 1995년 보건복지부 시행 3차 의료기관 서비스 평가 전국 1위(환자의 의사만족도 부문)라는 성과를 거두었다. 1998년에는 환자의 편의를 위하여 평일 야간진료 및 토요일 연장진료를 실시(전 교직원의 자원봉사)하고 있다.
아울러 신속하고 친절한 의료서비스를 제공하기 위하여 통합의료정보 전달체계(OCS)의 전산망을 구축하였고, 진료상의 문제점과 고충을 처리하기 위하여 주기적으로 설문조사를 실시하여 개선하고 있다.
의과대학병원에서는 공공성에 기여한 결과 전체 진료환자 중 보호환자 점유율이 외래 7.8%, 입원 19.6%로 전국 3차 의료기관 중 1위를 차지하고 있다. 각종 건강강좌, 심장병 무료검진, 노인을 위한 전립선 비대증 무료검진, 당뇨병교실, 호스피스병원을 운영하고 있다.
한방병원은 낙도 무료진료 등 각종 순회 무료진료를 시행하고 있으며, 치과병원에서는 극빈자를 위한 언청이 무료수술을 실시하고 있다.
이와 같이 종립대학병원으로서 폭넓은 의료 시혜를 베푼 결과 개원 이래 심장병 어린이를 위한 무료수술 135건, 언청이 무료수술 300여 건과 무료 개안수술 및 순회 무료진료를 통하여 10만여 명에게 의료 시혜를 베풀었다.