조선과학백과사전종합출판사는 과학원 산하의 출판사로 학술도서와 과학기술분야의 도서를 전문으로 출판한다. 과학원출판사로 시작하였다가 1976년에 백과사전출판사, 사회과학출판사, 과학출판사, 그리고 의학출판사의 4개 출판사를 통합하여 현재의 이름인 과학백과사전종합출판사로 명칭을 바꾸었다.
주요 간행물은 화학, 의학, 생물학 등 과학기술분야의 출판물을 비롯하여 경제사전, 정치사전 등의 사전류도 발간하고 있다. 주요 출판물로 『사회과학』, 『력사과학』(계간), 『과학원통보』, 『조선의학』, 『화학과 화학공업』, 『지질과 지리』, 『수학과 물리』, 『생물학』, 『철학연구』, 『경제연구』(월간), 『문화어학습』(계간) 등 20여 종의 정기간행물들을 발행한다. 그 외 『조선로동당정책사』(40권), 『조선전사』(33권), 『리조실록』, 『화학공업전서』(27권), 『조선 식물지』(8권), 『내과전서』(15권), 『의방류취』(20권), 『림상의전』, 『동약처방집』, 『조선조류지』(3권), 『현대생물학의 발전추세』, 『조선의 토양분류』, 『조선조류지』(3권), 『현대생물학의 발전추세』 등의 이공계 서적과 함께 『조선의 민속전통』, 『조선전사』, 『현대조선말사전』, 『문자학개요』 등의 인문학 전문학술서를 발행하였다. 그 외에도 『백과사전』을 비롯하여, 『정치사전』, 『경제사전』, 『백과전서』 등 해마다 1백 50여 종의 사회․과학․자연․기술과학․의학부분의 과학이론 및 과학기술도서들을 발간하고 있다.