이 직책은 1962년 「정부조직법」에 의거하여 시작되고, 이후 1973년 및 1981년 「정부조직법」의 전면 개정이 있었고, 1998년에도 「정부조직법」의 전면 개정이 있었으며, 이후 1999년과 2000년에도 부분적인 개정이 있었다. 따라서 2000년 말 현재 개정된 법에 의하면 다음과 같다.
이후 수차례의「정부조직법」개정이 있었으며, 2018년 현재 시행되고 있는 법령에 의하면 행정각부에는 장관이 특히 지시하는 사항에 관하여 장관과 차관을 직접 보좌하기 위하여 차관보를 둘 수 있다.
본래 차관보제도의 설립취지는 장·차관의 참모기능 수행, 즉 차관보의 전문적 지식과 경험을 활용하여 정책의 입안·건의, 중요정책에 대한 업무협의, 중요국제회의 참석, 기타 장관이 특히 지시하는 사항을 수행하는 데 있었다.
정책의 입안·기획·조사·연구 등 특별참모적 기능만을 수행하게 하되, 국제회의 참석, 대외적 교섭활동과 국내의 특정전문분야에 대한 회의참석은 가능하도록 하였다.