1275년(충렬왕 1)에 원나라의 간섭으로 상서병부(尙書兵部)를 군부사(軍簿司)로 고쳤다가 뒤에 병조로 고쳤다.
1308년에 병조와 전조(銓曹 : 종전의 吏部)·의조(儀曹 : 종전의 禮部)를 병합하여 선부(選部)로 하였고, 충선왕 때 선부에서 병조가 분리되어 총부가 설치되었다. 관원으로는 상서(尙書)를 두고 그 아래 의랑(議郎)·직랑(直郎)·산랑(散郎)을 두었다.
이후 충숙왕 대에 다시 군부사로 고쳤다가, 1356년(공민왕 5)에 '반원개혁'의 일환으로 문종 때의 관제로 복구하여 병부(兵部)로 고쳤다. 1362년에 다시 군부사로 고쳤고, 1369년에 총부로 고쳤다가 1372년(공민왕 21)에 다시 군부사로 고쳤으며, 1389년(공양왕 1)에 병조로 고쳤다. 이속(吏屬)으로는 주사(主事) 2인, 영사(令史) 2인, 서령사(書令史) 2인, 기관(記官) 2인이 있었다.