1095년(숙종 즉위년)에 중추원을 추밀원으로 바꾸었는데, 이는 송나라의 추밀원과 명칭이 동일한 것이다.
이후 원나라와의 관계 속에서 다시 그 명칭과 직제가 변화를 보이게 된다. 1274년 충렬왕 즉위 초에 잠시 집주(執奏)의 관직을 두었다가 이어 그 관직을 폐지하고 다음해에 밀직사(密直司)로 개칭하였다. 그 뒤 1298년 5월에는 광정원(光政院)으로 개칭하였다가 8월에 다시 밀직사로 바꾸었다.
그 뒤 공민왕의 반원개혁정치에 따라 1356년(공민왕 5)에는 밀직사를 폐지하고 추밀원으로 바꾸고, 관원으로는 판원사(判院事)·원사(院使)·지원사(知院使)·동지원사(同知院使)·부사(副使)·첨서원사(簽書院事)·직학사(直學士)·지주사(知奏事)·좌우승선(左右承宣)·좌우부승선·당후관(堂後官)을 두어 문종 관제로 복구하였다.