1308년(충신왕 즉위년) 고려의 관제를 원나라의 압력으로 격하 개편하면서 대묘서(大廟署)를 개칭한 것이다.
고려 전기에는 제향(祭享)의 통할관부인 대상시(大常寺)가 있고, 그 밑에 속한 관사로는 대묘서·제릉서(諸陵署)·장생서(掌牲署)·대악서(大樂署)가 있었으나, 원나라의 간섭을 받던 시기에 관부명을 제후국 체제로 격하 개편하면서 대상시는 전의시(典儀寺)로 하고 이에 소속된 관사명도 대묘서를 침원서로 개편한 것이다.
침원서의 직원은 영(令)·승(丞)을 두었고 관품도 낮추었다. 고려 후기에는 시·감관부 체계가 전기의 당·송 관부 체계를 채용한 것과는 달리 소통관계가 갖추어지지 못하고 분리된 관서로 남설되었던 것이며, 특히 소속관사의 대부분도 소규모로 그 직능이 분화된 경우가 많다.
조선이 건국되자 전의시가 봉상시로 바뀌어 그 소속관사는 두지 않고 종묘제를 비롯한 여러 제향을 관장하였다.