1308년(충신왕 즉위년) 고려의 관제를 원나라의 압력으로 격하 개편하면서 대묘서(大廟署)를 개칭한 것이다.
고려 전기에는 제향(祭享)의 통할관부인 대상시(大常寺)가 있고, 그 밑에 속한 관사로는 대묘서 · 제릉서(諸陵署) · 장생서(掌牲署) · 대악서(大樂署)가 있었으나, 원나라의 간섭을 받던 시기에 관부명을 제후국 체제로 격하 개편하면서 대상시는 전의시(典儀寺)로 하고 이에 소속된 관사명도 대묘서를 침원서로 개편한 것이다.
침원서의 직원은 영(令) · 승(丞)을 두었고 관품도 낮추었다. 고려 후기에는 시 · 감관부 체계가 전기의 당 · 송 관부 체계를 채용한 것과는 달리 소통관계가 갖추어지지 못하고 분리된 관서로 남설되었던 것이며, 특히 소속관사의 대부분도 소규모로 그 직능이 분화된 경우가 많다.
조선이 건국되자 전의시가 봉상시로 바뀌어 그 소속관사는 두지 않고 종묘제를 비롯한 여러 제향을 관장하였다.