1970년 1월 이동준(李東俊)을 중심으로 퇴계 선생 400주기 기념사업회가 결성되어 같은 해 10월 서울 남산 시립도서관 앞에 이황의 동상을 건립하고 12월에 도산서원(陶山書院)을 중수한 뒤 이러한 사업에 발맞추어 퇴계학연구원의 설립을 발의, 같은 해 12월에 발족되었다.
1978년 3월에는 사단법인의 인가를 받았으며, 1984년 현재의 위치인 서울 종로구 명륜동에 사옥을 준공하였다.
주요 사업은 퇴계학의 연구 및 보급, 퇴계학 고전의 연구·번역·주해 및 간행, 기념사업 추진, 연구논문집 간행 등이며, 전국 각지에 지원(支院)을 두고 있다.
1999년 10월 현재까지의 실적으로는 계간 『퇴계학보(退溪學報)』 103집 간행을 비롯해 『퇴계학연구총서(退溪學硏究叢書)』 2책, 『퇴계학역주총서(溪學譯註叢書)』 24책, 『퇴계학자료총서(退溪學資料叢書)』 10책 간행, 영인본 『일본각판이퇴계전집(日本刻板李退溪全集)』·『성학십도역해(聖學十圖譯解)』·『퇴계시학(退溪詩學)』·『퇴계소전(退溪小傳)』·『성리제가해초(性理諸家解抄)』·『퇴계철학입문(退溪哲學入門)』, 한글·영어·한문대역 성학십도 『하늘은 말이 없고 道는 형상이 없다』, 청소년용 퇴계의 삶과 가르침 『학문의 길·사람의 길』 등 20종의 단행본을 간행하였다.
또한 격년제로 행사하는 퇴계학국제학술상의 시상 및 국제학술회의와 각종 강연회·전시회를 개최해 오고 있다. 이 가운데 국제학술회의는 1988년 6월 사단법인 국제퇴계학회(國際退溪學會)가 설립된 뒤 이 학회의 주최로 이루어지고 있다. 이 국제학술회의는 세계 각지로 장소를 옮겨가며 개최되었다.
그 가운데 제2차는 일본 동경대학, 제4차는 대만 국립사범대학, 제6차는 미국 하버드대학, 제7차는 독일 함부르크대학, 제8차는 일본 쓰쿠바대학, 제9차는 홍콩 중원대학, 제11차는 중국 인민대학, 제12차는 구 소련과학원 극동연구소, 제13차는 독일 괘팅겐대학, 제14차는 중국 북경대학에서 개최되었다.
이 연구원의 사업은 조선시대에 이미 일본에 커다란 영향을 미쳐 일찍이 국제성을 띠고 있었던 이황의 학문·사상체계를 연구하고 그 발전을 기하기 위해 국내는 물론 국제적으로도 많은 퇴계학 연구학자를 배출하였다. 이는 퇴계학에 국한되지 않은 한국학의 진흥에도 크게 공헌한 것으로 평가할 수 있다.