미생물에 관련된 학문의 연구를 통하여 미생물학의 발전과 국민생활의 과학화로 복지향상에 기여하기 위하여 배무(裵武) 등이 중심이 되어 1959년 11월에 창립하였다. 연 2회 학술발표대회를 개최하고 연구발표회·학술강연회를 수시로 열고 있다.
1982년에는 국제유전공학심포지엄을, 1983년에는 유네스코와 협동으로 미생물세포융합에 관한 워크숍을 실시하기도 하였다. 정기간행물로는 영문학술지 ≪The Journal of Microbiology≫와 국문학술지 ≪미생물학회지≫를 연 4회 발행하고 있으며, 그 밖에 미생물학회소식과 최근에 관심있는 분야를 주제로 특집을 꾸미고 있는 ≪미생물과 산업≫을 연 2회 출간하고 있다.
회원은 평생회원·평의원·정회원·학생회원으로 구분하고 있으며, 그밖에 특별회원, 도서관회원과 같은 단체회원과 명예회원을 두고 있다. 1998년 현재 회원수는 1,200명에 이른다. 사무실은 과학기술회관에 있다.