1987년 가을 고고학과 고대사 등 한국상고사를 연구하는 여러 분야의 소장학자, 즉 고고학 전공의 최몽룡(崔夢龍)·조유전(趙由典)·손병헌(孫秉憲) 등과 고대사 전공의 이기동(李基東)·노태돈(盧泰敦)·이종욱(李鍾旭)·이현혜(李賢惠) 등이 중심이 되어 출발하였다.
설립 취지는 고고학과 고대사 뿐만 아니라 자연과학 등 여러 분야의 학제적인 연구를 통해 한국상고사를 연구하기 위함이다.
2000년 3월 현재 학회의 회원은 종신회원 약 3백여 명, 일반 및 학생 회원 약 150여 명 등 모두 약 450명에 이른다.
학회의 구성은 회원·임원·자문위원·운영위원·편집위원 등으로 구성되어 있다. 회원은 종신회원·일반회원·학생회원 등으로 구분되며, 자격은 이 회의 목적에 찬동해 소정의 회비를 납부함으로써 취득된다. 학회의 일을 집행하는 기구로 임원을 두는데 회장·총무·간사·감사 등으로 구성되어 있고, 임기는 2년이다.
운영위원회는 학회의 중요한 문제를 의결하는 기구로 임원을 포함해 15명 이내로 구성되고 편집위원을 겸하며, 임기는 2년이다.
학회의 연구활동은 크게 두 가지 방향이다. 먼저 학술대회는 연 2회로 현재 22회를 개최, 매회 하나의 주제를 설정해 이를 집중적으로 토론함으로써 한국상고사의 실마리를 풀어나가고자 한다.
신진학자들까지도 토론에 참가할 수 있도록 문호를 개방했으며 그들의 등용문과 같은 역할도 병행해 왔다. 그리고 최근에는 학술대회의 결과를 단행본으로 출간하기도 한다. 학회지는 『한국상고사학보(韓國上古史學報)』인데, 1988년 창간호를 시작으로 1999년 말 현재 제31호를 발간하였다.
선사시대로부터 역사시대에 이르기까지 고고학과 고대사가 다룰 수 있는 전 분야에 대한 논문들을 포괄적으로 발표해 왔다. 특히 고고학과 고대사를 연결하는 주제의 논문들을 집중적으로 수록함으로써 본 학회의 취지를 살려나가고 있다.
또한 동북아시아권을 대표하는 국제적인 학술지로 발전시키기 위해 국외의 논문들도 게재해 왔으며, 가깝게는 중국·러시아·일본·태국 등과 멀리는 스웨덴과 미국 등지의 여러 학자들의 논문을 실었다.
그 밖에 학술정보의 전산화작업으로 학회의 홈페이지를 만들어 각종 소식을 인터넷상으로 전하고 있고, ‘토론과 문답’ 코너에서는 한국상고사의 여러 가지 문제를 활발하게 토론하고 있다.