1988년한국식물보호학회(韓國植物保護學會)의 명칭을 현재의 이름으로 바꾸었다.
한국식물보호학회는 ≪한국식물보호학회지≫ 제1∼26 권(1962∼1987)을 발간하였다. 연구발표회 및 강연회 개최, 회지 및 기타 출판물 간행, 회원의 업적 표창, 기타 본회의 목적달성에 필요한 사업을 행하며, 회원에는 정회원·준회원·찬조회원·명예회원이 있고, 임원에는 회장 1명, 부회장 5명, 평의원 약간명, 편집위원 약간명, 감사 약간명으 로 되어있다.
2001년 현재 정회원과 준회원 547명, 찬조회원 23개 기업체, 평의원 124명, 편집위원 26명이 있으며, 평의원은 평의원회를, 편집위원은 편집위원회를 구성하고 있다. ≪한국식물보호 학회지≫의 후속으로 ≪한국응용곤충학회지≫를 1988년(제27권)부터 연 4회 발간하고 있으며, 2000년말까지 제39권 제4호까지를 발간하였고, 1998년부터는 영문학회지를 연 2회 발간하고 있다.
사무실은 경기도 수원시 권선구 서둔동에 있는 서울대학교 농업생명과학대학 농생물학과 내에 있다.