한국학중앙연구원은 한국학을 진흥하기 위하여 설립된 재단법인으로 성남시 분당구 운중동에 위치하고 있다. 1978년 6월 22일 한국정신문화연구원 설립인가를 받고 1978년 6월 30일 한국정신문화연구원으로 개원, 2005년 1월 한국학중앙연구원육성법이 공포되면서 한국학중앙연구원으로 명칭이 변경되었다.
1978년 설립된 한국정신문화연구원은 한국 문화의 정수를 깊이 연구하여 주체적 역사관과 건전한 가치관을 정립하고, 미래 한국의 좌표와 기본 원리를 탐구하여 민족 중흥을 위한 국민정신을 드높이고 민족 문화 창달에 기여함을 설립 목적으로 하였다.
2005년 2월 1일 한국학 본산으로서의 위상을 재정립하고자 한국학중앙연구원으로 명칭을 변경함과 동시에 설립 목적을 한국 문화의 심층 연구 및 교육 등을 통하여 한국학을 진흥하고, 나아가 미래 한국의 좌표를 탐구하여 민족 문화 창달에 기여함으로 조정하였다.
급속한 산업화로 밀어닥친 서구 문화의 범람이 우리 전통 문화를 흔들고 우리 문화의 정체성마저 위협받기에 이르렀을 때 한국의 대표적 철학자 박종홍(朴鍾鴻) 박사 등 원로들이 백년대계의 민족 교육을 담당할 연구 기관의 설립을 정부에 건의한데서 태동하였으며, 1977년 1월 설립안이 확정된 후 현재 위치에 연구원을 건립하고 1978년 6월 22일 문교부로부터 재단법인 한국정신문화연구원으로 설립인가를 받아 이 해 6월 30일 개원하였다. 이 해 12월 5일 「한국정신문화연구원법」(법률 제3116호)이 제정, 공포되어 국가로부터 보호, 육성되고 있다.
1980년 3월 5일 국내외 한국학 연구자 및 교수 요원을 양성하기 위한 부설 기관으로 한국학대학원을 개원하였으며, 이 해 3월 19일에는 우리 민족의 문화유산과 업적을 집대성하기 위해 한국민족문화대백과사전 편찬부를 발족하였다. 1981년 7월 6일 종래 문화재 관리국(현, 국가유산청)에서 관리해 오던 장서각 도서가 본 연구원 도서관으로 이관되었다. 1997년에는 정보화시대에 부응하여 한국학 자료의 정보화를 위한 한국학 정보센터를 설치하였고, 2000년대에 들어서서는 현재 한국문화교류센터로 통합되었지만, 해외 한국학 교류 증대를 위한 국제협력처와 해외 문화 홍보 및 한국 바로 알리기를 위한 국제한국문화홍보센터 등이 설치되었다. 2005년 2월 1일 한국학 본산으로서의 위상을 재정립하고자 한국학중앙연구원으로 명칭을 변경하였고, 2007년 5월 한국학의 기획연구 및 장기발전을 위해 한국학기획사업단(現 한국학진흥사업단)이 부설기구로 설치되었다.
1978년 초대원장에 이선근(李瑄根) 박사가 취임하였으며, 그 뒤 고병익(高柄翊) · 정재각(鄭在覺) · 유승국(柳承國) · 문홍주(文鴻柱) · 이현재(李賢宰) · 이영덕(李榮德) · 한상진(韓相震) · 이상주(李相周) · 장을병(張乙炳) · 윤덕홍(尹德弘) · 김정배(金貞培) · 정정길(鄭正佶) · 이배용 · 이기동 원장을 거쳐 2017년 제18대 원장에 안병욱 박사가 취임하여 오늘에 이르고 있다.
연구 사업은 한국학 관련 자료의 수집 · 연구 · 번역 · 출판 등을 통해 한국학을 체계적으로 발전시켜 나가고 있다. 이를 위해 각 연구소는 각자의 분야에서 주제를 정해 연구를 진행하고 그 결과를 토대로 한국학의 가치를 창조하고 이를 대내외적으로 전파해 국가의 위상을 높이는 한편 우리 국민에게 자긍심을 심어주는 데에 일조하고 있다.
교육 사업을 위해 한국학대학원을 설치하여 인문학부, 문화예술학부, 사회과학부, 국제한국학부 등의 4개 학부 15개 전공의 석사 과정과 인문학부, 문화예술학부, 사회과학부 등의 3개 학부 14개 전공의 박사 과정을 두고 한국학의 내실화와 세계화에 기여할 한국학자를 양성하고 있다. 1980년부터 30여 년간 소수 정예의 연구 중심 교육을 실시하여 왔으며, 졸업생들은 학문적 우수성을 인정받아 국내 및 세계 각국의 한국학 교육 기관과 연구 기관에서 중추적인 역할을 수행하고 있다. 이러한 정규 과정 외에 1997년부터 전통식 한문 교육 기관인 청계서당(淸溪書堂)을 설치 · 운영하고 있으며, 외국인을 위한 한국 문화 학당도 매년 실시하고 있다.
장서각은 고종 때 시작된 조선왕실의 도서관으로서 대한민국의 소중한 기록유산인 국가왕실문헌 및 민간사대부문헌을 관리 · 연구하는 도서관이자 학술 연구 기관이다. 조선왕실에서 소장하던 왕실자료를 비롯하여 군영자료, 한글소설류 등 10만여 책의 왕실도서와 전국에서 수집한 민간 고문헌 4만여 점을 소장하고 있다. 이를 바탕으로 고전적의 정리 · 번역 · 해제 등의 연구 성과를 발간하여 한국학 글로벌 아카이브이자 학술연구기관으로서의 역할과 기능을 하고 있다.
한국학 학술 정보화 사업은 한국학자료 및 학술정보를 디지털화 하여 전문가 및 대중이 활용할 수 있도록 정보통신 네트워크를 통해 서비스하고 있으며, 주요사업은 한국 역대인물 종합정보, 장서각 디지털아카이브, 한국학 영문용어 용례사전 등이 있다.
한국학 지식 콘텐츠 편찬 사업은 한국학 자료의 정보화를 통해 타 분야의 다양한 지식 및 창조적 생산기술과 융합하여 새로운 지식과 문화를 만들어내는 것을 목표로 하고 있으며, 주요사업은 한국향토문화전자대전 편찬, 한국민족문화대백과사전 편찬 등이 있다.
한국문화교류사업은 한국학 및 한국 문화에 대한 재발견의 기회를 제공할 수 있는 다각적인 학술 · 문화 교류활동을 하고 있으며, 해외 한국학 지원 및 국제학술회의 개최, 교육 및 네트워크의 확장을 통해 한국학의 발전과 국가 이미지 제고에 기여하고 있다. 한국 바로 알리기 사업은 외국 교과서에 서술된 한국의 이미지를 개선하여 한국에 대한 외국인의 인식을 제고하고, 한국의 국제적 위상을 높이기 위한 사업이다.
부설기구인 한국학진흥사업단은 한국학선도연구지원, 한국학교육강화, 한국학인프라구축, 한국학대중화사업의 4개 사업군을 운영하고 있으며, 장기적이고 체계적인 사업지원을 통해 한국학연구수준을 높이고, 교육 및 인프라를 강화하며, 연구성과를 대중화함으로써 세계와 소통하는 한국학으로 발전시키고 있다.
한국학중앙연구원은 연구 조직으로 고전학연구소, 동아시아역사연구소, 문화와종교연구소, 세종리더십연구소, 어문생활사연구소, 현대한국연구소 등 6개의 부문별 연구소를 두고 있으며, 교육 조직으로 한국학대학원이 있다. 그리고 사업 조직으로 연구처, 장서각, 한국문화교류센터, 한국학지식정보센터, 한국학자료센터를 두고 있으며, 행정 조직으로 기획처, 교학처, 사무국이 있다. 이와 별도로 부설기구인 한국학진흥사업단을 설치 · 운영하고 있다.