1955년 미국남장로교선교회에서 호남지역 농어촌교회에 희생적으로 봉사할 교역자 육성을 위하여 전라남도 광주시 백운동에 호남성경학원을 설립하였다.
1961년 당시 교회의 급격한 부흥발전에 비하여 절대 부족한 목회자 양성 때문에 호남신학원으로 개편하고, 브라운(Brown,G.T.)이 초대원장에 취임하였다. 1963년에는 호남신학교로 개칭하였고, 1971년 학교법인 설립인가를 받았다.
이듬해 대학에 준하는 4년제 각종학교인 장로회호남신학교 설립 허가를 받아 신학과 40명을 모집하였다. 1976년에 현재의 위치로 교사를 신축, 이전하고, 1980년 모집정원을 80명으로 증원하였으며, 1981년에는 야간부를 신설하였다.
이어 시대에 부응한 목회자의 자질향상을 위하여 인적·물적 시설 확충에 계속 노력하던 중 1984년에는 4년제 대학학력인정학교로 지정되었고, 1987년에 교회음악과를 신설하였다. 1989년에 호남신학대학으로 개편하였으며, 1992년 4월호남신학대학교로 교명을 변경하였다. 1999년 2월 대학종합평가 인정결과 교육영역 최우수대학, 재정경영영역 우수대학으로 인정을 받았다.
1999년 11월 대학원 신학박사 과정과 기독교상담대학원을 신설하였고, 2000년 11월 도서관을 준공하였다.
2001년 7월 목회전문대학원을 설립하였으며, 2002년 2월 교양교육평가 종합우수대학으로 선정되었다. 2004년 2월 평생교육원을 설치하였고, 사회복지상담학과를 신설하였다.
대학원은 일반대학원ㆍ신학대학원ㆍ목회대학원ㆍ교회음악대학원에 500여명이 재학하고 있다.
교훈은 ‘믿음ㆍ배움ㆍ섬김’이며, 부속기관으로는 도서관ㆍ생활관ㆍ학보사ㆍ교육방송국 등이 있으며, 부설연구소로는 신학연구소ㆍ교회음악연구소ㆍ해석학연구소ㆍ커뮤티케이션아카데미 등이 있다.
매년 5월에는 대학축제인 ‘갈멜전’을 개최하며, 9개의 동아리를 중심으로 활발한 학생활동이 이루어지고 있다. 이탈리아의 프레스코발디(Prescobaldi)대학 및 볼리비아ㆍ미국 등의 대학들과 자매결연을 하고 있다.